Level: Mittelstufe
Jobfunktion: Analyst / Wissenschaftler / Ingenieur
Industrie: Lebenswissenschaften
Paul Fogel, Berater, Paul Fogel-Berater
Jean-Luc Blachon, leitender Statistiker, Präklinische Forschung, Ipsen
In klinischen Studien ist die explorative Analyse von multivariaten Längsschnittdaten der Schlüssel zur Identifizierung von Patientenuntergruppen, bei denen einige der untersuchten Merkmale, z. B. Biomarker, einen ähnlichen zeitlichen Verlauf aufweisen. Im Zusammenhang mit der Tumor-Evolutionskinetik stellen wir ein neues JMP-Add-In für die nicht negative Tensor-Faktorisierung (NTF) vor, das die Identifizierung solcher Patientenuntergruppen und die gleichzeitige Auswahl von Parametern mit prototypischem Zeitverlauf ermöglicht. Wir zeigen, dass ausgewählte Merkmale anschließend zur Modellierung der Tumorentwicklung verwendet werden können. Dank des unbeaufsichtigten Charakters unseres Ansatzes sind die resultierenden Schätzungen des Gesamtüberlebens robust gegenüber Überanpassung. Das Add-In bietet dynamische Heatmap-Visualisierungen, die für Biologen und Kliniker von Bedeutung sind. Dank der Interoperabilität mit JMP 14 Python wird ein schnelles NTF-Paket, das in der Sprache Python 3.6 geschrieben wurde, im Hintergrund ausgeführt. Schließlich werden die NTF-Ergebnisse mit den Ergebnissen der JMP 14-Plattform für Funktionsanalyse und eines R-Pakets verglichen, das eine Pfadmodellierung durchführt.
