Doug Robinson, scientifique spécialisé dans les applications sur le terrain, et Susan Glick, chargée de comptes chez JMP, ont récemment assisté à une excellente conférence sur le séquençage de nouvelle génération, organisée par un client de JMP Genomics. Centre national pour les ressources génomiques . Cette conférence, tenue les 6 et 7 mars à Santa Fe, au Nouveau-Mexique, a été parrainée par Génomique JMP , Illumina et Roche, entre autres. Faye Schilkey, directrice associée du Genome Sequencing Center du NCGR, a invité JMP Genomics à exposer. NCGR a plusieurs séquenceurs Illumina de nouvelle génération et un certain nombre de projets de collaboration en cours avec d’autres institutions, visant à examiner les capacités de cette technologie relativement nouvelle.
JMP Genomics était la seule société de logiciels à exposer à la conférence, ce qui a été une excellente occasion d'en apprendre davantage sur la technologie des conférenciers invités et des utilisateurs finaux des technologies de séquençage à haut débit. J'ai été déçu de ne pas pouvoir assister à la découverte de cette région en croissance, mais il est difficile de sortir de la ville si tard dans le cycle de publication. JMP Genomics 3.2 étant sur le point de sortir prochainement, de nombreuses activités ont été menées - marketing, ventes, tests, documentation et développement, pour n'en nommer que quelques-uns.
Après la conférence, Jordan Hiller, spécialiste des applications sur le terrain, a rejoint Doug et Susan au Nouveau-Mexique pour suivre une formation sur la génomique JMP au NCGR. Je pense que tout le monde a été surpris et ravi de la facilité avec laquelle les rapports de requête d'expression de NCGR Alpheus Le pipeline de traitement de séquences peut être importé dans JMP Genomics et utilisé par les mêmes outils d’évaluation de la qualité, de normalisation et d’ANOVA que les clients de JMP Genomics appliquent régulièrement à d’autres ensembles de données d’expression. Les développeurs Alpheus de NCGR ont maintenant écrit un utilitaire de sortie pour créer un ensemble de données traitées au format JMP Genomics typique, et les scientifiques de NCGR nous ont dit que les échantillons aberrants sont faciles à identifier en raison des diverses représentations visuelles des données que nous proposons dans nos processus de contrôle de la qualité. Comme vous pouvez l’imaginer, ce rapport a fait sourire les membres de notre équipe de développement JMP Genomics. Nous sommes impatients d’entendre beaucoup plus de choses de la part de NCGR au fur et à mesure de la progression de leurs études! Stephen Kingsmore de NCGR présentera une partie de ces travaux en cours, notamment l’analyse des données Alpheus à l’aide de JMP Genomics, au Conférence sur les technologies de séquençage de nouvelle génération sponsorisé par CHI à San Diego les 23 et 24 avril.
