Ahora es el momento de hacer un seguimiento de mi anterior publicación en el blog sobre el Dr. Eric Jackson, usuario de JMP Genomics, que ganó el Premio a la Investigación Científica Sobresaliente en Carrera Temprana de Herbert L. Rothbart, un premio nacional para el USDA-ARS. Quería compartir algunas de las experiencias de nuestro equipo que hablan de la creatividad y la energía de Eric como socio. Estoy seguro de que nuestras experiencias son diferentes de las de los científicos en la academia y la industria que colaboran con Eric en el frente científico, pero la capacidad de Eric para trabajar con socios en muchas áreas diferentes dice mucho sobre por qué ha tenido tanto éxito. Por supuesto, también tengo un motivo oculto, y es animar a otros usuarios a compartir sus ideas e ideas sobre cómo mejorar aún más nuestro software.
Solo para dar un poco de contexto, Eric ha sido un JMP Genomics Usuario desde hace un par de años y publicó varios artículos recientes que utilizaron JMP Genomics para análisis seleccionados. Estos incluyen ejemplos de uso de JMP Genomics para el mapeo de asociación en trigo ( Gurang et al. ) y análisis de diversidad genética en avena ( Oliver et al. ).
A principios de 2011, Eric comenzó a alentar a nuestro equipo de desarrollo a pensar en un enfoque diferente y complementario para los análisis de asociación. Estaba interesado en ver que JMP Genomics usara datos genotípicos para descendientes de cruces experimentales utilizados en estrategias de reproducción diseñadas para crear mapas de vínculos genéticos. Eric frecuentemente construye mapas usando otro software y pensó que la interactividad de JMP Genomics sería un gran beneficio para el proceso de creación de mapas. Fue un buen momento para nosotros, ya que teníamos otros clientes en el espacio de genómica agrícola que hacían las mismas solicitudes.
¿Por qué alguien querría crear un mapa de vinculación en estos días de secuenciación del genoma completo, podría preguntar? Bueno, aunque la secuenciación EST ha sido una herramienta importante para generar un catálogo de marcadores genéticos en avena (gracias a los colaboradores de Eric en el proyecto CORE de Oat), obtener un ensamblaje de secuencia completo y correcto de todo el genoma de avena es casi imposible debido a su Gran tamaño y naturaleza hexaploide. Ensamblar el genoma sería extremadamente difícil debido a la alta similitud entre los tres genomas ancestrales diferentes pero relacionados que conforman el genoma de la avena. Los mapas de enlaces genéticos proporcionan un mapa de ruta de menor resolución que una secuencia completa del genoma, pero estos conjuntos ordenados de marcadores genéticos todavía se pueden usar para ayudar a identificar áreas del genoma que albergan genes que controlan rasgos agronómicos deseables.
La disposición de Eric para compartir sus pensamientos sobre el flujo de trabajo ideal de mapeo de enlaces fue tremendamente útil para los desarrolladores Kelci Miclaus y Russ Wolfinger, ya que trabajaron en varios procesos nuevos relacionados con el mapa de enlaces que aparecerán en la versión JMP Genomics 5.1 del próximo mes. Con la primera iteración de esta funcionalidad, ofreceremos procesos para identificar grupos de marcadores de enlace, que en la mayoría de los casos corresponden aproximadamente a cromosomas, así como procesos para ordenar marcadores dentro de grupos de enlace y visualizar mapas creados en JMP Genomics u otro software. Estamos muy contentos de poder aprovechar SAS Analytics para ofrecer métodos para el ordenamiento avanzado de marcadores, y ya están planeando una serie de mejoras para que aparezcan en nuestra próxima versión, JMP Genomics 6.0. Muchas de estas mejoras provienen de sugerencias ofrecidas por usuarios existentes que han visto demostraciones de la nueva funcionalidad de mapas de vínculos.
Me gustaría impresionar a todos los usuarios de JMP Genomics que Queremos que compartas tus pensamientos e ideas. sobre nuestro software. Necesitamos saber de usted cómo podemos hacer que JMP Genomics sea más útil para usted. Queremos escuchar lo bueno, lo malo y lo feo de usted para que podamos continuar mejorando nuestro producto. Sabemos que ningún producto puede cubrir el diverso espacio de análisis genómico, y ciertamente habrá algunos problemas que no tienen sentido para nosotros tratar de abordar dentro de nuestro software. Pero ciertamente esperamos que nos dé la oportunidad de escuchar sus problemas de análisis y decirnos cómo cree que JMP Genomics podría ayudar. Por favor envíe por correo electrónico cualquier idea que pueda tener genomics@jmp.com .
Para obtener más información sobre las colaboraciones de investigación de Eric y ver una demostración de la nueva funcionalidad de mapeo de vínculos del especialista en ciencias de la vida de JMP, Jordan Hiller, puede ver el webcast grabado. Exploración CORE: Marcadores para mapas de genes, todo en un entorno .
O echa un vistazo a una anterior blog escribí sobre el webcast de Eric y la nueva funcionalidad.
Ahora que JMP Genomics 5.1 se ha lanzado a usuarios nuevos y existentes, nuestro sitio web tiene muchos detalles nuevos sobre todas las nuevas características que hemos agregado. Asegúrate de échales un vistazo .
