이제는 JMP Genomics 사용자 인 Eric Jackson이 USDA-ARS의 국가 상인 Herbert L. Rothbart Outstanding Early Career Research Scientist에서 우승했습니다. 파트너로서의 에릭의 독창성과 에너지에 대해 이야기하는 팀의 경험을 공유하고 싶었습니다. 나는 우리의 경험이 과학적으로 Eric과 협력하고있는 학계와 산업계의 과학자들의 경험과 다르지는 않을 것이라고 확신하지만, Eric은 여러 분야의 파트너와 협력 할 수있는 능력이 왜 그렇게 성공적 이었는지를 말해줍니다. 물론, 나는 또한 허풍의 동기를 가지고 있으며, 그것은 다른 사용자들이 우리의 소프트웨어를 어떻게 향상 시킬지에 대한 생각과 아이디어를 공유하도록 장려하는 것입니다.
컨텍스트를 제공하기 위해 Eric은 JMP Genomics 최근 몇 년 동안 JMP Genomics를 사용한 여러 논문을 발표했다. 여기에는 밀에서 결합지도 작성을 위해 JMP Genomics를 사용하는 사례가 포함되어 있습니다 ( Gurang et al. ) 및 귀리의 유전 적 다양성 분석 ( Oliver et al. ).
2011 년 초 Eric은 개발 팀에게 협회 분석에 대한 서로 다른 보완적인 접근 방법에 대해 생각해 보도록 권유하기 시작했습니다. 그는 JMP Genomics가 유전자 연결 맵을 만들기 위해 설계된 번식 전략에 사용 된 실험적인 십자가에서 자손에 대한 유전자형 데이터를 사용하는 데 관심이있었습니다. Eric은 다른 소프트웨어를 사용하여 자주지도를 만들고 JMP Genomics의 상호 작용이지도 작성 과정에 큰 도움이 될 것이라고 생각했습니다. 우리가 농업 유전체학 분야의 다른 고객들에게 동일한 요청을하는 것처럼 우리에게는 좋은 타이밍이었습니다.
왜 모든 사람이 전체 게놈 시퀀싱의 요즘 링키지 맵을 만들고 싶습니까? 음, EST 시퀀싱은 귀리에서 유전자 마커 카탈로그를 생성하는 중요한 도구 였지만 (귀리 코어 프로젝트의 Eric의 공동 작업자 덕분에) 전체 귀리 게놈의 완전하고 정확한 순서 조립을 얻는 것은 큰 크기 및 육체성 자연. 게놈 조립은 귀리 게놈을 구성하는 서로 다른 3 종의 관련 조상 게놈간에 높은 유사성으로 인해 극도로 어려울 것입니다. 유전자 연쇄지도는 완전한 게놈 서열보다 낮은 해상도의 도로지도를 제공하지만, 이러한 주문 된 유전자 마커 세트는 여전히 바람직한 농업 적 특성을 제어하는 유전자를 보유하고있는 게놈 영역을 확인하는 데 사용될 수있다.
이상적인 연계 매핑 워크 플로에 대한 생각을 공유하려는 Eric의 의지는 다음 달 JMP Genomics 5.1 릴리스에 나타날 몇 가지 새로운 연계지도 관련 프로세스를 작업하면서 Kelci Miclaus 및 Russ Wolfinger 개발자에게 대단히 도움이되었습니다. 이 기능의 첫 번째 반복을 통해 대부분의 경우 염색체에 해당하는 연결 마커 그룹을 식별하는 프로세스는 물론 연결 그룹 내의 마커를 주문하고 JMP Genomics 또는 기타 소프트웨어로 만든 맵을 시각화하는 프로세스를 제공합니다. 우리는 다음과 같은 이점을 누릴 수있게되어 기쁘게 생각합니다. SAS Analytics 고급 마커 주문을위한 방법을 제공하고 있으며, 다음 릴리스 인 JMP Genomics 6.0에 포함될 여러 가지 향상된 기능을 이미 계획하고 있습니다. 이러한 향상된 기능의 대부분은 새로운 링크 맵 기능의 데모를 본 기존 사용자가 제안한 제안에서 비롯되었습니다.
JMP Genomics의 모든 사용자에게 깊은 인상을 남기고 싶습니다. 우리는 당신이 당신의 생각과 생각을 나누기를 바랍니다. 우리의 소프트웨어에 대해서. 우리는 JMP Genomics를 어떻게보다 유용하게 만들 수 있는지에 대해 여러분으로부터 듣고 싶습니다. 우리는 제품을 계속해서 개선 할 수 있도록 제품의 좋음, 나쁨 및 추악한 것을 듣고 싶습니다. 우리는 다양한 게놈 분석 공간을 완벽하게 커버 할 수있는 제품이 없다는 것을 알고 있습니다. 우리 소프트웨어 내에서 태클을 시도하는 것은 당연한 문제가 될 것입니다. 그러나 우리는 분석 문제에 귀 기울이고 JMP Genomics가 어떻게 도움이 될 수 있다고 생각하는지 알려줄 것입니다. 가지고 계신 아이디어를 이메일로 보내주십시오. genomics@jmp.com .
Eric의 연구 공동 작업에 대해 자세히 알아보고 JMP Life Sciences Specialist Jordan Hiller의 새로운 연계 매핑 기능에 대한 데모를 보려면 녹음 된 웹 캐스트를 시청하십시오 CORE Exploration :지도에 대한 마커, 한 곳에서의 모든 설정 .
또는 이전 체크 아웃 내가 Eric의 웹 캐스트에 관해 쓴 블로그 게시물 및 새로운 기능.
JMP Genomics 5.1이 신규 및 기존 사용자에게 공개되었으므로 당사 웹 사이트에는 새로 추가 된 모든 새로운 기능에 대한 많은 새로운 정보가 있습니다. 반드시 한번 봐봐 .
