Ora è il momento di seguire il mio precedente post sul blog sull'utente di JMP Genomics. Il dott. Eric Jackson ha vinto l'Herbert L. Rothbart Eccezionale ricercatore di ricerca sulle carriere, un premio nazionale per l'USDA-ARS. Volevo condividere alcune delle esperienze del nostro team che parlano della creatività e dell'energia di Eric come partner. Sono sicuro che le nostre esperienze sono diverse da quelle degli scienziati del mondo accademico e dell'industria che collaborano con Eric sul fronte scientifico, ma la capacità di Eric di lavorare con partner in molte aree diverse ci dice perché ha avuto tanto successo. Naturalmente, ho anche un ulteriore motivo, e cioè incoraggiare gli altri utenti a condividere i loro pensieri e idee su come migliorare ulteriormente il nostro software.
Solo per dare qualche contesto, Eric è stato un Genomica di JMP utente per un paio di anni e ha pubblicato diversi documenti recenti che hanno utilizzato JMP Genomics per analisi selezionate. Questi includono esempi di utilizzo di Genomics JMP per la mappatura delle associazioni nel grano ( Gurang et al. ) e analisi della diversità genetica nell'avena ( Oliver et al. ).
All'inizio del 2011, Eric ha iniziato a incoraggiare il nostro team di sviluppo a pensare a un approccio diverso e complementare alle analisi di associazione. Era interessato a vedere JMP Genomics utilizzare i dati genotipici per la prole da incroci sperimentali utilizzati nelle strategie di allevamento progettate per creare mappe di collegamento genetico. Eric costruisce frequentemente mappe usando altri software e pensa che l'interattività di JMP Genomics sarebbe un grande vantaggio per il processo di creazione della mappa. Era un buon tempismo per noi, dato che avevamo altri clienti nello spazio di genomica agricola che facevano le stesse richieste.
Perché qualcuno dovrebbe voler creare una mappa di collegamento in questi giorni di sequenziamento dell'intero genoma, si potrebbe chiedere? Bene, sebbene il sequenziamento EST sia stato uno strumento importante per generare un catalogo di marcatori genetici nell'avena (grazie ai collaboratori di Eric nel progetto Oat CORE), ottenere un assemblaggio completo e corretto dell'intero genoma dell'avena è quasi impossibile a causa della sua grande dimensione e natura esaploide. Assemblare il genoma sarebbe estremamente difficile a causa dell'elevata somiglianza tra i tre genomi ancestrali diversi ma correlati che insieme costituiscono il genoma dell'avena. Le mappe di collegamento genetico forniscono una mappa stradale a risoluzione più bassa rispetto a una sequenza completa del genoma, ma questi set ordinati di marcatori genetici possono ancora essere utilizzati per aiutare a identificare le aree del genoma che ospitano geni che controllano i tratti agronomici desiderabili.
La disponibilità di Eric a condividere le sue riflessioni sul flusso di lavoro ideale per la mappatura del linkage è stata estremamente utile per gli sviluppatori Kelci Miclaus e Russ Wolfinger mentre lavoravano su diversi nuovi processi correlati alla mappa di collegamento che appariranno nella versione JMP Genomics 5.1 del mese prossimo. Con la prima iterazione di questa funzionalità, offriremo processi per identificare gruppi di marcatori di linkage, che nella maggior parte dei casi corrispondono approssimativamente ai cromosomi, nonché processi per ordinare marcatori all'interno di gruppi di linkage e visualizzare mappe create con JMP Genomics o altri software. Siamo entusiasti di poter trarre vantaggio da SAS Analytics offrire metodi per l'ordinamento avanzato dei pennarelli e sta già pianificando una serie di miglioramenti da visualizzare nella nostra prossima versione, JMP Genomics 6.0. Molti di questi miglioramenti derivano dai suggerimenti offerti dagli utenti esistenti che hanno visto le demo della nuova funzionalità della mappa di collegamento.
Mi piacerebbe fare colpo su tutti gli utenti di Genomics di JMP vogliamo che tu condivida i tuoi pensieri e le tue idee sul nostro software. Abbiamo bisogno di sentirti parlare di come possiamo rendere più utile JMP Genomics. Vogliamo ascoltare il bene, il brutto e il brutto da parte nostra in modo che possiamo continuare a migliorare il nostro prodotto. Sappiamo che nessun prodotto può coprire completamente il diverso spazio di analisi genomica e ci saranno certamente alcuni problemi che non hanno senso per noi cercare di affrontare il nostro software. Ma speriamo senz'altro che tu possa darci la possibilità di ascoltare i tuoi problemi di analisi e dirci come pensi che JMP Genomics potrebbe aiutare. Si prega di e-mail tutte le idee che potrebbe essere necessario genomics@jmp.com .
Per saperne di più sulle collaborazioni di ricerca di Eric e vedere una demo della nuova funzionalità di mappatura del linkage dello specialista di JMP Life Sciences Jordan Hiller, puoi guardare il webcast registrato Esplorazione CORE: Marker to Maps to Genes, All in One Setting .
Oppure dai un'occhiata a prima post sul blog Ho scritto sul webcast di Eric e la nuova funzionalità.
Ora che JMP Genomics 5.1 è stato rilasciato a utenti nuovi ed esistenti, il nostro sito web presenta molti nuovi dettagli su tutte le nuove funzionalità che abbiamo aggiunto. Essere sicuri di controllali .
