今度は、JMP GenomicsユーザーのEric Jackson博士が、USDA-ARSの全国的賞であるHerbert L. Rothbartの優れた初期のキャリア研究科学者を受賞したことについての私の以前のブログ投稿をフォローする時間です。パートナーとしてのEricの創造性とエネルギーを語る私たちのチームの経験のいくつかを共有したいと思いました。私たちの経験は、科学的な面でEricと協力している学術界や産業界の科学者の経験とは異なると確信していますが、Ericがさまざまな分野でパートナーと協力する能力は、なぜ彼がそれほど成功したかについて語っています。もちろん、私には最終的な動機もあります。それは、他のユーザーが私たちのソフトウェアをさらに改善する方法について自分の考えやアイデアを共有することを奨励することです。
ある文脈を与えるために、エリックはされています JMPゲノミクス現在は2、3年間ユーザーに選ばれ、選択された分析にJMP Genomicsを使用した最近のいくつかの論文が発表されました。これらは、コムギの関連マッピングにJMP Genomicsを使用した例を含みます。 Ｇｕｒａｎｇ ｅｔ ａｌ。 ）およびエンバクの遺伝的多様性分析 Oliver等。 ）
2011年初頭、Ericは開発チームに対して、関連分析に対する別の補完的なアプローチについて検討するよう奨励し始めました。彼は、JMP Genomicsが遺伝子連鎖地図を作成するために設計された育種戦略で使用された実験的交配からの子孫に遺伝子型データを使用するのを見ることに興味を持っていました。Ericは他のソフトウェアを使って地図を作成することがよくあり、JMP Genomicsの双方向性が地図作成のプロセスにとって大きな利益になると考えました。農業ゲノミクス分野の他の顧客も同じ要求をしていたので、私たちにとっては良いタイミングでした。
最近の全ゲノムシークエンシングの中で、なぜ誰かが連鎖地図を作成したいのではないでしょうか。ESTシークエンシングは、エンバクの遺伝的マーカーのカタログを作成するための重要なツールでしたが（Oat COREプロジェクトのEricの共同研究者のおかげで）、エンバクゲノム全体の完全で正しい配列の組み立てを得ることは、その理由から不可能です。大きいサイズと六倍体の性質。一緒にエンバクのゲノムを構成する3つの異なるが関連した先祖のゲノムの間の高い類似性のために、ゲノムを組み立てることは非常に難しいでしょう。遺伝子連鎖地図は完全なゲノム配列よりも低い解像度のロードマップを提供するが、これらの順序付けられた遺伝子マーカーのセットは依然として望ましい農業形質を制御する遺伝子を含むゲノムの領域の同定を助けるために使用することができる。
理想的なリンケージマッピングワークフローについての彼の考えを共有したいというエリックの意欲は、開発者Kelci MiclausとRuss Wolfingerが来月のJMP Genomics 5.1リリースで登場するであろういくつかの新しいリンケージマップ関連プロセスに取り組んだので非常に役に立ちました。この機能の最初の繰り返しで、ほとんどの場合染色体に対応する連鎖マーカーグループを特定するプロセス、および連鎖グループ内のマーカーを順序付けし、JMP Genomicsまたは他のソフトウェアで作成されたマップを視覚化するプロセスを提供します。私たちは利用できることに興奮しています SASアナリティクス高度なマーカー注文の方法を提供するために、そして我々の次のリリースであるJMP Genomics 6.0に現れるためにすでにいくつかの機能強化を計画しています。これらの機能強化の多くは、新しいリンケージマップ機能のデモを見た既存のユーザーからの提案によるものです。
私はそこにいるすべてのJMP Genomicsユーザーに感銘を与えたいと思いますあなたの考えやアイデアを共有してほしい私達のソフトウェアについて。JMP Genomicsをどのようにしてお客様にとってより有用なものにすることができるかについて、お客様からご連絡をいただく必要があります。私達は私達が私達のプロダクトを改善し続けることができるように私達はあなたからの善、悪および醜いことを聞きたいと思います。多様なゲノミクス解析の分野を完全にカバーできる製品はないことを私たちは知っています。そして、私たちのソフトウェアの中で取り組もうとしても意味がないいくつかの問題が確かにあるでしょう。しかし、分析の問題に耳を傾け、JMP Genomicsがどのように役立つと考えているかを私たちに伝えてください。あなたがする必要があるかもしれない任意のアイデアをメールで送ってください genomics@jmp.com 。
Ericの共同研究についてもっと学び、JMP Life SciencesスペシャリストJordan Hillerによる新しいリンケージマッピング機能のデモを見るために、あなたは記録されたウェブキャストを見ることができますコア探査：遺伝子にマップするためのマーカー、オールインワン設定 。
または以前にチェックアウト EricのWebキャストについて書いたブログ記事そして新しい機能。
JMP Genomics 5.1が新規および既存のユーザーにリリースされた今、私たちのウェブサイトは私たちが追加したすべての新機能についてたくさんの新しい詳細を持っています。必ずチェックして 。
