Nun ist es an der Zeit, meinem früheren Blogbeitrag über den JMP Genomics-Benutzer Dr. Eric Jackson nachzugehen, der den Herbert L. Rothbart Herausragenden Nachwuchswissenschaftler, einen nationalen Preis für USDA-ARS, gewonnen hat. Ich wollte einige Erfahrungen unseres Teams teilen, die mit Erics Kreativität und Energie als Partner sprechen. Ich bin sicher, dass sich unsere Erfahrungen von denen der Wissenschaftler in Wissenschaft und Industrie unterscheiden, die mit Eric auf wissenschaftlicher Ebene zusammenarbeiten, aber Eris Fähigkeit, mit Partnern in vielen verschiedenen Bereichen zusammenzuarbeiten, spricht Bände darüber, warum er so erfolgreich war. Natürlich habe ich auch ein Hintergedanken, nämlich andere Benutzer dazu anzuregen, ihre Gedanken und Ideen mitzuteilen, wie unsere Software weiter verbessert werden kann.
Nur um etwas Kontext zu geben, war Eric ein JMP Genomics Benutzer seit einigen Jahren und veröffentlichte mehrere kürzlich erschienene Artikel, in denen JMP Genomics für ausgewählte Analysen verwendet wurde. Dazu gehörten Beispiele für die Verwendung von JMP Genomics für das Assoziationsmapping in Weizen ( Gurang et al. ) und genetische Diversitätsanalyse in Hafer ( Oliver et al. ).
Anfang 2011 ermutigte Eric unser Entwicklungsteam, über einen anderen, sich ergänzenden Ansatz zur Assoziationsanalyse nachzudenken. Er interessierte sich dafür, dass JMP Genomics Genotypdaten für Nachkommen aus experimentellen Kreuzungen verwendet, die in Züchtungsstrategien zum Erstellen von genetischen Verknüpfungskarten verwendet werden. Eric erstellt häufig Karten mit anderer Software und ist der Meinung, dass die Interaktivität von JMP Genomics einen großen Vorteil für den Prozess der Kartenerstellung darstellt. Es war ein guter Zeitpunkt für uns, da andere Kunden im Bereich Agrargenomik die gleichen Anforderungen stellten.
Warum sollte irgendjemand in den Tagen der Genomsequenzierung eine Linkage-Map erstellen wollen? Obwohl die EST-Sequenzierung ein wichtiges Werkzeug für die Generierung eines Katalogs genetischer Marker in Hafer war (dank Erics Mitarbeitern im Oat CORE-Projekt), ist es fast unmöglich, eine vollständige und korrekte Sequenzanordnung des gesamten Hafergenoms zu erstellen groß und hexaploide Natur. Der Zusammenbau des Genoms wäre extrem schwierig, da die drei verschiedenen, aber verwandten Ahnengenome, die zusammen das Hafergenom bilden, sehr ähnlich sind. Genetische Verknüpfungskarten bieten eine Straßenkarte mit niedrigerer Auflösung als eine vollständige Genomsequenz, aber diese geordneten Sätze genetischer Marker können immer noch dazu verwendet werden, Bereiche des Genoms zu identifizieren, die Gene enthalten, die die gewünschten agronomischen Merkmale kontrollieren.
Die Bereitschaft von Eric, seine Gedanken über den idealen Linkage-Mapping-Workflow mitzuteilen, war für die Entwickler Kelci Miclaus und Russ Wolfinger enorm hilfreich, da sie an mehreren neuen Prozessen für Linkage-Maps arbeiteten, die im nächsten Monat in JMP Genomics 5.1 erscheinen werden. Mit der ersten Wiederholung dieser Funktionalität werden wir Verfahren zur Identifizierung von Verknüpfungsmarkergruppen anbieten, die in den meisten Fällen in etwa Chromosomen entsprechen, sowie Verfahren zur Anordnung von Markern innerhalb von Verknüpfungsgruppen und zum Visualisieren von in JMP Genomics oder anderer Software erstellten Karten. Wir freuen uns, dass wir dies nutzen können SAS Analytics Um Methoden für die erweiterte Markenreihenfolge anzubieten, sind bereits einige Verbesserungen geplant, die in unserer nächsten Version, JMP Genomics 6.0, erscheinen sollen. Viele dieser Verbesserungen stammen aus Vorschlägen bestehender Benutzer, die Demos der neuen Linkage-Map-Funktionalität gesehen haben.
Ich möchte bei allen JMP-Genomics-Anwendern das beeindrucken Wir möchten, dass Sie Ihre Gedanken und Ideen teilen über unsere Software. Wir müssen von Ihnen hören, wie wir JMP Genomics für Sie nützlicher machen können. Wir möchten das Gute, das Schlechte und das Hässliche von Ihnen hören, damit wir unser Produkt weiter verbessern können. Wir wissen, dass kein Produkt die verschiedenen Bereiche der Genomics-Analyse vollständig abdecken kann, und es wird sicherlich einige Probleme geben, die für uns nicht sinnvoll sind, wenn wir versuchen, diese in unserer Software zu lösen. Wir hoffen jedoch, dass Sie uns die Möglichkeit geben, Ihre Analyseprobleme zu hören und uns mitzuteilen, wie Sie denken, dass JMP Genomics helfen könnte. Bitte senden Sie uns Ihre Ideen per E-Mail genomics@jmp.com .
Um mehr über Erics Forschungskooperationen zu erfahren und eine Demo der neuen Linkage-Mapping-Funktionalität von JMP Life Sciences Specialist Jordan Hiller zu sehen, können Sie sich den aufgezeichneten Webcast ansehen CORE Exploration: Marker für die Zuordnung von Genen zu All-In-One-Einstellungen .
Oder schauen Sie sich ein früheres an Blogpost, den ich über Erics Webcast schrieb und die neue Funktionalität.
Nach der Veröffentlichung von JMP Genomics 5.1 für neue und bestehende Benutzer enthält unsere Website zahlreiche neue Details zu allen neuen Funktionen, die wir hinzugefügt haben. Sicher sein zu Schau sie dir an .
