Il est maintenant temps de donner suite à mon précédent article sur le Dr Eric Jackson, utilisateur de JMP Genomics, qui a remporté le prix Herbert L. Rothbart, chercheur scientifique exceptionnel en début de carrière, un prix national décerné à USDA-ARS. Je voulais partager certaines des expériences de notre équipe qui témoignent de la créativité et de l'énergie d'Eric en tant que partenaire. Je suis sûr que nos expériences sont différentes de celles des scientifiques du monde universitaire et de l'industrie qui collaborent avec Eric sur le plan scientifique, mais la capacité d'Eric à travailler avec des partenaires dans de nombreux domaines différents en dit long sur les raisons de son succès. Bien entendu, j’ai aussi une arrière-pensée, c’est d’encourager d’autres utilisateurs à partager leurs réflexions et leurs idées sur la manière d’améliorer encore notre logiciel.
Juste pour donner un peu de contexte, Eric a été un Génomique JMP depuis quelques années maintenant et a publié plusieurs articles récents qui utilisaient JMP Genomics pour certaines analyses. Ces exemples incluent l’utilisation de JMP Genomics pour la cartographie d’association chez le blé ( Gurang et al. ) et l'analyse de la diversité génétique chez l'avoine ( Oliver et al. ).
Début 2011, Eric a commencé à encourager notre équipe de développement à réfléchir à une approche différente et complémentaire des analyses d'association. Il était intéressé par voir JMP Genomics utiliser les données génotypiques pour la progéniture de croisements expérimentaux utilisés dans des stratégies de sélection conçues pour créer des cartes de liaison génétique. Eric construit fréquemment des cartes à l'aide d'autres logiciels et a pensé que l'interactivité de JMP Genomics serait un avantage considérable pour le processus de création de cartes. Le moment était bien choisi pour nous, car d'autres clients de la génomique agricole avaient fait les mêmes demandes.
Pourquoi quelqu'un voudrait-il créer une carte de liaison en ces temps de séquençage du génome entier? Eh bien, bien que le séquençage EST ait été un outil important pour générer un catalogue de marqueurs génétiques dans l'avoine (grâce aux collaborateurs d'Eric dans le projet Oat CORE), obtenir un assemblage de séquence complet et correct de l'ensemble du génome de l'avoine est pratiquement impossible en raison de sa grande taille et nature hexaploïde. Assembler le génome serait extrêmement difficile en raison de la grande similarité entre les trois génomes ancestraux différents mais liés, qui forment ensemble le génome de l'avoine. Les cartes de liaison génétique fournissent une feuille de route de résolution inférieure à celle d'une séquence complète du génome, mais ces ensembles ordonnés de marqueurs génétiques peuvent toujours être utilisés pour aider à identifier les zones du génome qui hébergent des gènes contrôlant les traits agronomiques souhaitables.
La volonté d'Eric de faire part de ses réflexions sur le flux de travail idéal pour la cartographie des liens a été extrêmement utile aux développeurs Kelci Miclaus et Russ Wolfinger, qui ont travaillé sur plusieurs nouveaux processus liés aux cartes de liaison qui figureront dans la version 5.1 de JMP Genomics. À la première itération de cette fonctionnalité, nous proposerons des processus d'identification des groupes de marqueurs de liaison, qui correspondent dans la plupart des cas approximativement aux chromosomes, ainsi que des processus de commande de marqueurs au sein de groupes de liaison et de visualisation des cartes créées dans JMP Genomics ou d'autres logiciels. Nous sommes ravis de pouvoir profiter de SAS Analytics pour proposer des méthodes de classement avancé des marqueurs, et envisagent déjà de nombreuses améliorations dans notre prochaine version, JMP Genomics 6.0. Un grand nombre de ces améliorations proviennent des suggestions des utilisateurs existants qui ont visionné des démonstrations de la nouvelle fonctionnalité de carte de liaison.
Je voudrais impressionner tous les utilisateurs de JMP Genomics qui nous voulons que vous partagiez vos pensées et vos idées à propos de notre logiciel. Nous devons connaître votre avis sur la manière de rendre JMP Genomics plus utile pour vous. Nous voulons entendre vos points positifs et négatifs afin que nous puissions continuer à améliorer notre produit. Nous savons qu'aucun produit ne peut couvrir complètement le vaste espace d'analyse génomique, et il y aura certainement des problèmes qui n'auront aucun sens pour nous d'essayer de les résoudre au sein de notre logiciel. Mais nous espérons certainement que vous nous donnerez la possibilité d’écouter vos problèmes d’analyse et de nous dire comment, selon vous, JMP Genomics pourrait vous aider. S'il vous plaît envoyez un courriel à toutes les idées que vous pourriez avoir à génomique@jmp.com .
Pour en savoir plus sur les collaborations de recherche d'Eric et voir une démonstration de la nouvelle fonctionnalité de cartographie des liens de Jordan Hiller, spécialiste des sciences de la vie chez JMP, vous pouvez visionner la diffusion Web enregistrée. Exploration CORE: Marqueurs mappés sur des gènes, tout en un .
Ou consultez un plus tôt article de blog que j'ai écrit sur le webcast d'Eric et la nouvelle fonctionnalité.
Maintenant que JMP Genomics 5.1 a été mis à la disposition des utilisateurs, nouveaux et existants, notre site Web regorge de nouveaux détails sur toutes les nouvelles fonctionnalités que nous avons ajoutées. Assurez-vous de Vérifie-les .
