現在是時候跟進我之前關於JMP Genomics用戶Eric Jackson博士贏得Herbert L. Rothbart傑出早期職業研究科學家的博客文章，該獎項是USDA-ARS的全國獎項。我想分享一些我們團隊的經驗，這些經歷與Eric作為合作夥伴的創造力和活力有關。我相信我們的經驗與學術界和工業界的科學家在科學方面與埃里克合作的經歷有所不同，但埃里克與許多不同領域的合作夥伴合作的能力說明了他為何如此成功。當然，我也有一個別有用心的動機，那就是鼓勵其他用戶分享他們對如何進一步改進我們軟件的想法和想法。
只是為了給出一些背景，埃里克一直是個 JMP基因組學用戶已有幾年了，並發表了幾篇最近使用JMP Genomics進行選定分析的論文。這些包括使用JMP Genomics進行小麥關聯作圖的例子（ Gurang等。和燕麥的遺傳多樣性分析（ 奧利弗等人。 ）。
2011年初，Eric開始鼓勵我們的開發團隊考慮一種不同的，互補的關聯分析方法。他有興趣看到JMP Genomics使用來自設計育種策略中使用的實驗雜交的後代的基因型數據來創建遺傳連鎖圖譜。Eric經常使用其他軟件構建地圖，並認為JMP Genomics的交互性對於地圖創建過程將是一個很大的好處。這對我們來說是個好時機，因為我們農業基因組學領域的其他客戶提出了同樣的要求。
你可能會問，為什麼有人想在全基因組測序的這幾天創建連鎖圖？好吧，儘管EST測序已經成為在燕麥中生成遺傳標記目錄的重要工具（感謝Eric在Oat CORE項目中的合作者），但是由於其完整而正確的整個燕麥基因組序列組裝幾乎是不可能的。大尺寸和六倍體性質。由於構成燕麥基因組的三個不同但相關的祖先基因組之間的高度相似性，組裝基因組將是極其困難的。遺傳連鎖圖提供了比完整基因組序列更低分辨率的路線圖，但這些有序的遺傳標記組仍可用於幫助識別含有控制所需農藝性狀的基因的基因組區域。
Eric願意分享他對理想鏈接映射工作流程的看法，這對開發人員Kelci Miclaus和Russ Wolfinger非常有幫助，因為他們研究了幾個新的鏈接圖相關流程，這些流程將出現在下個月的JMP Genomics 5.1版本中。通過該功能的第一次迭代，我們將提供用於識別連鎖標記組的過程，其在大多數情況下大致對應於染色體，以及用於在連鎖組內對標記進行排序以及可視化在JMP基因組學或其他軟件中創建的圖的過程。我們很高興能夠利用 SAS Analytics 提供高級標記排序的方法，並且已經計劃在我們的下一版本JMP Genomics 6.0中出現許多增強功能。其中許多增強功能來自現有用戶提供的建議，這些用戶已經看到了新鏈接圖功能的演示。
我想給所有JMP Genomics用戶留下深刻的印象我們希望您分享您的想法和想法關於我們的軟件。我們需要聽取您的意見，了解我們如何讓JMP Genomics對您更有用。我們希望聽到您的好，壞和醜，以便我們能夠繼續改進我們的產品。我們知道，沒有任何產品可以完全涵蓋多樣化的基因組學分析領域，並且肯定會有一些問題對我們試圖在我們的軟件中解決是沒有意義的。但我們當然希望您能給我們機會聽取您的分析問題並告訴我們您對JMP Genomics如何幫助的看法。請將您可能需要的任何想法發送給我們 genomics@jmp.com 。
要了解更多有關Eric的研究合作以及JMP生命科學專家Jordan Hiller的新鏈接映射功能的演示，您可以觀看錄製的網絡廣播核心探索：標記地圖到基因，一體化設置 。
或者早點退房博客文章我寫了關於埃里克的網絡直播和新的功能。
現在JMP Genomics 5.1已經發布給新老用戶，我們的網站上有很多關於我們添加的所有新功能的新細節。務必去看一下 。
