「omne trium perfectum」または「3つになるものはすべて完璧です」と書かれているラテン語が少しあります。私は3つの記事を続けて書くことに着手していませんでしたマルコフ連鎖モンテカルロ （MCMC）、しかし時々星は物語がそれ自身を書き続けているような方法で整列します。
しかし、まず冗談です。
ベイジアンと頻度主義者が同じ仕事に応募します。インタビュアーは、頻度主義者にこう言います。あなたは素晴らしい候補ですが、私たちはベイジアンと一緒に行くことにしました。あなたは両方とも同じ資格を持っています。しかし、ベイジアンには以前の経験があります。」
この記事は、実際には私たちの1人から寄せられた何らかのフィードバックの結果です。 JMP WinBUGSを使用してモデルによくフィットするユーザー。彼が見つけた MCMCの診断事後のサンプルを調査するのに便利なアドインで、彼はWinBUGSの出力を適切な形式にするのが難しいと感じました。彼は私に次のような例を送ってくれました：Wolfinger（1998）は航空機部品に使われる複合材料の引張強度測定値を分析しました（表4のデータはヴァンゲル（1992） ）8つのパラメータを持つモデルを使用する。単一のチェーンに対して11,000の事後サンプルを要求すると（最初の1000が焼かれるサンプルであると仮定）、WinBUGSでは2つの出力ファイルが生成されます。最初のindex.txtは、開始と終了の観測番号を持つパラメータのリストです。この例では、index.txtの内容は次のようになります。
a [1] 1 11000
a [2] 11001 22000
a [3] 22001 33000
a [4] 33001 44000
a [5] 44001 55000
mu 55001 66000
sigma2.a 66001 77000
sigma2.e 77001 88000
chain 1.txtという2番目のファイルには2つの列があります。最初の列は8回繰り返された1から11,000までの反復数で、2番目の列は8つのパラメーターのサンプル値を含みます。本質的に88,000 x 2の行列。これらの出力ファイルは、JMP MCMC診断アドインでどのように使用できますか（これは、行がチェーン内のサンプルで、列がパラメーターであると想定しています）。ただ自由に利用できるを適用する WinBUGSからJMPへの変換アドイン ！（ダウンロードには無料のSASプロファイルが必要です。）アドインはWinBUGS出力ファイル（index.txtとchain 1.txt、chain 2.txtなど）のディレクトリの場所を要求し、MCMC Samplesという名前のJMPテーブルを作成します（保存可能）新しい名前で） 図1を参照してください。
図1。WinBUGS出力ファイルから変換されたMCMCサンプルのJMPテーブル
考慮すべき点がいくつかあります。まず、図1のデータ表には、バーンインを目的とした最初の1,000個のサンプルが含まれています。テーブルから行を削除するか、最初の1000行を選択して右クリックして[Exclude / Unexclude]を選択し、行を分析から除外することができます。これにより、MCMC診断アドインはこれらの行を存在しない場合と同様に無視します。バーンインサンプルをさらに詳細に調べたい場合、たとえばトレースプロットでの収束速度を評価したい場合は、いつでも後で除外できます。次に、パラメータが a_iに改名されました。 これは意図的なものだったため、変換プロセスで変数名が配列として解釈されることはありませんでした。WinBugs内でパラメータに名前を付けるときには、このことに注意してください。変換によって名前が重複する列が生じる可能性があります。
参照
ウルフジンガーRD。（1998）。ベイズシミュレーションを使用した分散成分モデルの許容範囲 品質技術ジャーナル ３０：１８−３２。
