A volte, sono completamente sbalordito di quanto la nostra scienza sia avanzata dai miei giorni come studente laureato. A quei tempi, chiunque si avvicinava agli studi "genomici" sugli organismi eucarioti coinvolgeva il DNA "in fusione" e lo guardava tornare insieme usando Culla curve. La clonazione e il sequenziamento di un singolo cDNA potrebbero farti entrare un foglio Scienza o anche (se fosse particolarmente importante) Natura . Come biologo molecolare di formazione classica, ero abituato a pensare ai singoli geni. Abbiamo analizzato le macchie settentrionali e le abbiamo sondate con sonde di cDNA singole. In una buona giornata, i nostri gel di sequenziamento potrebbero risolvere fino a 300 nucleotidi, forse un po 'di più se si facessero più caricamenti. Gli esperimenti erano laboriosi e non molto quantitativi. Mentre potremmo generare alcune immagini molto carine, non potremmo certo fare statistiche. Allora, la nostra scienza era limitata dalla mancanza di dati.
Da quel tempo remoto (a metà strada verso il Pleistocene , come direbbero i miei figli), abbiamo fatto incredibili progressi. Abbiamo sequenziato i genomi di una lista crescente di organismi diversi. Possiamo valutare quantitativamente l'espressione non di un solo gene, ma di ogni gene in un organismo, tutti allo stesso tempo. Possiamo porre domande globali che non avremmo mai potuto chiedere solo pochi anni fa, e possiamo ottenere risposte a queste domande in un periodo di tempo relativamente breve. In effetti, oggi abbiamo il problema opposto: troppi dati! Passavamo mesi o addirittura anni raccogliendo alcuni dati cruciali che potevano essere valutati da un semplice sguardo a un autoradiogramma. Oggi possiamo fare un esperimento in una frazione del tempo, ma l'analisi richiede molto più tempo. Fortunatamente, i nostri strumenti e competenze si stanno evolvendo insieme alla nostra scienza.
La versione iniziale di Genomica di JMP nel 2006 ha sposato le capacità di visualizzazione e la facilità d'uso del software JMP con la potenza di SAS . Ha offerto ai ricercatori più di 100 diversi processi per l'importazione, la manipolazione e l'analisi delle vaste quantità di dati generati dalle nuove tecnologie. La recente versione di JMP Genomics 4.0 si basa su una piattaforma già solida di strumenti di gestione e analisi dei dati. Abbiamo aggiunto funzionalità e migliorato la potenza di tutti i processi esistenti. Inoltre, abbiamo aggiunto 16 processi totalmente nuovi. In effetti, quest'ultima versione contiene quasi 200 diversi processi per l'importazione, la valutazione, la normalizzazione, l'annotazione e l'esplorazione di dati genetici e di microarray. Ogni processo è completamente documentato e disponibile per l'uso come è o per adattarsi alle vostre esigenze particolari. È possibile modificare processi e flussi di lavoro esistenti o crearne di nuovi e aggiungerli ai menu. Inoltre, se c'è qualcosa di speciale di cui hai bisogno, faccelo sapere e lavoreremo con te per costruirlo. Come sempre, restiamo impegnati ad aiutarvi a raggiungere i vostri obiettivi di ricerca.
Siamo arrivati così lontano in così poco tempo. Dove andrà la nostra scienza? Aiuteresti a decidere e JMP Genomics ti aiuterà a portarci lì. Siamo già al lavoro per la nostra prossima versione. Rimanete sintonizzati. Il meglio deve ancora venire.
