Cet article de blog est le premier des deux qui décrira les nouveaux flux de travail de base dans Génomique JMP 3.2. Les flux de travail de base constituent une étape intermédiaire entre le très flexible Workflow Builder, introduit pour la première fois dans JMP Genomics 3.0, et la simplicité de l’assistant simplifié d’Affymetrix Expression CHP, apparu pour la première fois dans JMP Genomics 3.1.
L'expert CHP et les flux de travail de base tirent tous deux parti de l'infrastructure de Workflow Builder, mais ils diffèrent de l'utilisation directe de Workflow Builder. Lorsque vous travaillez dans la boîte de dialogue Générateur de flux de travail, vous devez d'abord ouvrir d'autres boîtes de dialogue de processus JMP Genomics, sélectionner des paramètres, puis enregistrer ces paramètres dans un flux de travail ou sélectionner des paramètres déjà existants pour différents processus afin de créer un flux de travail. Étant donné que Workflow Builder peut intégrer des paramètres à tout processus JMP Genomics exécutant SAS, il fournit une vaste gamme d'options pour la personnalisation des étapes de traitement et d'analyse des données. Cependant, il peut être intimidant pour un nouvel utilisateur de commencer à l'utiliser.
L'assistant de cogénération interactif et les flux de travail de base basés sur des boîtes de dialogue établissent les paramètres pour vous dans les coulisses et lancent les flux de travail automatiquement. L’assistant PCCE et les flux de travail de base fournissent un ensemble d’options restreint, mais vous pouvez modifier le flux de travail ou en créer une après son exécution initiale. Les flux de travail Basic Expression et Basic Exon offrent la possibilité de générer plusieurs graphiques de contrôle de qualité standard, avec le choix de les afficher pour les données avant et après la normalisation, et un onglet pour spécifier le modèle et les options ANOVA. Le flux de travail Basic Exon crée automatiquement le modèle approprié pour tester l'épissage alternatif.
De nouveaux boutons d'action ont été lancés avec les résultats de l'ANOVA pour vous permettre d'accéder rapidement à des résultats intéressants. Dans le cas des données exon, vous pouvez explorer un ID de cluster de transcription pour afficher les diagrammes en boîte et les graphiques linéaires afin de révéler les ensembles de sondes (exons) qui semblent afficher des différences spécifiques aux tissus. Vous pouvez également tester la signification statistique des différences d'intensité pour les exons individuels entre les groupes (par exemple, contrôle versus traitement).
La sortie de tous les flux de travail est un journal JMP avec des boutons de script permettant de lancer la sortie de chaque processus - un outil de présentation très pratique. En fait, notre principal développeur, Russ Wolfinger, a récemment présenté les résultats des flux de production de base de génétique et de copie de numéro au MAQC II réunion en face-à-face à la FDA à Rockville, MD. Ces résultats ont été exécutés sur des fichiers PCCE et CEL, respectivement, dérivés d’un sous-ensemble des Consortium de contrôle des cas Wellcome Trust ensemble de données. A l'instar des processus de modélisation prédictive JMP Genomics, qui ont bénéficié de l'entraînement de l'équipe dans MAQC I et MAQC II, ces nouveaux flux de travail seront certainement étirés et façonnés par l'implication de l'équipe JMP Genomics dans MAQC.
Nous avons constaté que ces flux de travail de base étaient extrêmement utiles dans nos propres recherches, en particulier lors du démarrage d'un nouvel ensemble de données. Essayez-les et envoyez-nous vos commentaires une fois que vous aurez installé JMP Genomics 3.2.
