이 블로그 게시물은 새로운 기본 워크 플로를 설명하는 두 가지 중 첫 번째입니다. JMP Genomics 3.2. 기본 워크 플로우는 JMP Genomics 3.0에서 처음 도입 된 매우 유연한 Workflow Builder와 JMP Genomics 3.1에 처음 등장한 간소화 된 Affymetrix Expression CHP Wizard의 간결함을 제공합니다.
CHP 마법사와 기본 워크 플로 모두 워크 플로 작성기 인프라를 활용하지만 워크 플로 작성기를 직접 사용하는 것과는 다릅니다. Workflow Builder 대화 상자에서 작업 할 때는 먼저 다른 JMP Genomics 프로세스 대화 상자를 열고 매개 변수를 선택한 다음 해당 설정을 워크 플로에 저장하거나 다양한 프로세스에 대한 기존 저장된 설정을 선택하여 워크 플로를 구축해야합니다. Workflow Builder는 SAS를 실행하는 JMP Genomics 프로세스에 대한 설정을 통합 할 수 있기 때문에 데이터 처리 및 분석 단계를 사용자 정의 할 수있는 다양한 옵션을 제공합니다. 그러나 새로운 사용자가이를 사용하기 시작하는 것이 위험 할 수 있습니다.
대화 형 CHP 마법사 및 대화 상자 기반 기본 워크 플로는 배경을 설정하고 워크 플로를 자동으로 시작합니다. CHP 마법사 및 기본 워크 플로는 제한된 옵션 집합을 제공하지만 초기 실행 후에 워크 플로를 수정하거나 빌드 할 수 있습니다. 기본 표현식 및 기본 Exon 워크 플로에는 표준화 전후의 데이터에 대해 표시 할 수있는 선택 항목과 ANOVA 모델 및 옵션을 지정하는 탭이있는 여러 표준 품질 제어 플롯을 생성하는 옵션이 있습니다. 기본 엑슨 워크 플로우는 적절한 모델을 자동 생성하여 선택적인 스 플라이 싱을 테스트합니다.
ANOVA 결과로 새로운 작업 버튼을 시작하여 재미있는 결과를 빠르게 드릴 다운 할 수 있습니다. 엑손 데이터의 경우, 성적서 클러스터 ID를 드릴 다운하여 박스 플롯 및 라인 그래프를 보면서 어떤 프로브 세트 (엑손)가 조직 특이적인 차이점을 표시하는지 알 수 있습니다. 또한 그룹 간 개별 엑손에 대한 강도 차이의 통계적 유의성을 테스트 할 수 있습니다 (예 : 대조군 대 치료군).
모든 워크 플로우의 결과물은 매우 편리한 프리젠 테이션 도구 인 각 프로세스의 출력을 시작하는 스크립트 버튼이있는 JMP 저널입니다. 사실, 우리의 수석 개발자 Russ Wolfinger는 최근에 Basic Genetics Workflow 및 Basic Copy Number Workflow의 결과를 MAQC II Rockville, MD에있는 FDA에 얼굴을 맞댄 회의. 이 결과는 CHP 및 CEL 파일에서 각각 실행되었으며 웰컴 트러스트 사례 통제 컨소시엄 데이터 세트. MAQC I와 MAQC II에 대한 팀의 참여로 인해 상당한 성과를 얻었던 JMP Genomics 예측 모델링 프로세스와 마찬가지로이 새로운 워크 플로는 JMP Genomics 팀이 MAQC에 참여함으로써 확실히 확장되고 형성 될 것입니다.
우리는 이러한 기본 워크 플로우가 우리 자신의 연구에서 특히 새로운 데이터 세트로 시작할 때 매우 유용하다는 것을 알았습니다. JMP Genomics 3.2를 사용해 주시면 의견을 보내주십시오.
