Esta publicación de blog es la primera de dos que describirá nuevos flujos de trabajo básicos en JMP Genomics 3.2. Los flujos de trabajo básicos ofrecen un paso intermedio entre el generador de flujo de trabajo altamente flexible que se introdujo por primera vez en JMP Genomics 3.0 y la simplicidad del asistente optimizado de expresión de Affymetrix CHP, que apareció por primera vez en JMP Genomics 3.1.
Tanto el asistente de CHP como los flujos de trabajo básicos aprovechan la infraestructura de Workflow Builder, pero difieren de usar Workflow Builder directamente. Cuando trabaje en el cuadro de diálogo Generador de flujo de trabajo, primero debe abrir otros cuadros de diálogo de proceso de JMP Genomics, seleccionar parámetros, luego guardar esa configuración en un flujo de trabajo o seleccionar entre las configuraciones guardadas preexistentes para varios procesos para crear un flujo de trabajo. Debido a que Workflow Builder puede incorporar configuraciones para cualquier proceso de JMP Genomics que ejecute SAS, proporciona una amplia gama de opciones para personalizar el procesamiento de datos y los pasos de análisis. Sin embargo, puede ser intimidante para un nuevo usuario comenzar a usarlo.
El asistente interactivo de CHP y los flujos de trabajo básicos basados en cuadros de diálogo crean configuraciones para usted entre bambalinas e inician flujos de trabajo automáticamente. El asistente de CHP y los flujos de trabajo básicos proporcionan un conjunto restringido de opciones, pero puede modificarlo o construirlo después de su ejecución inicial. Los flujos de trabajo de Expresión Básica y Exón Básico ofrecen la opción de generar varios gráficos de control de calidad estándar, con la opción de mostrarlos para los datos antes y después de la normalización, y una pestaña para especificar el modelo y las opciones de ANOVA. El flujo de trabajo de Basic Exon crea automáticamente el modelo apropiado para probar el empalme alternativo.
Los nuevos botones de acción se lanzaron con los resultados de ANOVA para permitirle profundizar rápidamente en hallazgos interesantes. En el caso de los datos de exones, puede profundizar en un ID de grupo de transcripción para ver diagramas de caja y gráficos de líneas para revelar qué sondas (exones) parecen mostrar diferencias específicas de tejido. También puede probar el significado estadístico de las diferencias de intensidad para exones individuales entre grupos (por ejemplo, control vs. tratamiento).
La salida de todos los flujos de trabajo es un diario JMP con botones de script para iniciar la salida de cada proceso, una herramienta de presentación muy conveniente. De hecho, nuestro principal desarrollador Russ Wolfinger demostró recientemente los resultados del flujo de trabajo de Genética básica y el flujo de trabajo de número de copia básico MAQC II reunión cara a cara en la FDA en Rockville, MD. Estos resultados se ejecutaron en archivos CHP y CEL, respectivamente, derivados de un subconjunto de Consorcio de control de casos de Wellcome Trust conjunto de datos. Al igual que los procesos de modelado predictivo de JMP Genomics, que se han entrenado bastante debido a la participación del equipo en MAQC I y MAQC II, estos nuevos flujos de trabajo seguramente se verán afectados por la participación del equipo de JMP Genomics en MAQC.
Hemos encontrado que estos flujos de trabajo básicos son extremadamente útiles en nuestra propia investigación, especialmente al comenzar con un nuevo conjunto de datos. Por favor, pruébelos y envíenos sus comentarios una vez que tenga JMP Genomics 3.2.
