このブログ記事は、新しい基本的なワークフローを説明する2つのうちの最初のものです。 JMPゲノミクス 3.2。基本的なワークフローは、JMP Genomics 3.0で初めて導入された非常に柔軟なWorkflow Builderと、JMP Genomics 3.1で初めて登場した簡素化されたAffymetrix Expression CHPウィザードの間の中間ステップを提供します。
CHPウィザードと基本ワークフローはどちらもWorkflow Builderインフラストラクチャを利用しますが、Workflow Builderを直接使用するのとは異なります。Workflow Builderダイアログ内で作業する場合は、最初に他のJMP Genomicsプロセスダイアログを開き、パラメータを選択してからそれらの設定をワークフローに保存するか、またはさまざまなプロセス用に既存の保存設定から選択してワークフローを構築する必要があります。Workflow Builderは、SASを実行する任意のJMP Genomicsプロセスの設定を組み込むことができるので、データ処理と分析ステップをカスタマイズするための幅広いオプションを提供します。ただし、新しいユーザーが使い始めるのは威圧的です。
対話式CHPウィザードとダイアログベースの基本ワークフローの両方が、舞台裏で設定を構築し、ワークフローを自動的に起動します。CHPウィザードと基本ワークフローには制限されたオプションのセットがありますが、最初の実行後にワークフローを変更または構築することができます。Basic ExpressionとBasic Exon Workflowsは、正規化前後のデータに対してこれらを表示する選択、およびANOVAモデルとオプションを指定するためのタブで、いくつかの標準品質管理プロットを生成するオプションを提供します。Basic Exonワークフローは、オルタナティブスプライシングをテストするための適切なモデルを自動的に作成します。
ANOVAの結果で起動された新しいアクションボタンを使用すると、興味深い結果を素早く掘り下げることができます。エクソンデータの場合は、トランスクリプトクラスターIDをドリルダウンしてボックスプロットと折れ線グラフを表示し、どのプローブセット（エクソン）が組織特異的な違いを示しているかを明らかにすることができます。また、グループ間の個々のエクソンの強度の差の統計的有意性を検定することもできます（例、対照と治療）。
すべてのワークフローの出力は、各プロセスからの出力を起動するためのスクリプトボタン付きのJMPジャーナルです。これは非常に便利なプレゼンテーションツールです。実際、私たちの主導的な開発者であるRuss Wolfingerは先日、Basic Genetics WorkflowとBasic Copy Number Workflowの結果を示しました。 MAQC メリーランド州ロックビルで開催されたFDAでの対面会議。これらの結果は、それぞれCHPファイルとCELファイルで実行されたものです。ウェルカムトラストケースコントロールコンソーシアムデータセット チームのMAQC IとMAQC IIへの関与からかなりの成果を得たJMP Genomics予測モデリングプロセスと同様に、これらの新しいワークフローはJMP GenomicsチームのMAQCへの関与によって確実に拡張され形成されます。
特に新しいデータセットから始める場合は、これらの基本的なワークフローが私たち自身の研究において非常に有用であることがわかりました。JMP Genomics 3.2を入手したら、ぜひ試してみてフィードバックを送ってください。
