Questo post del blog è il primo di due che descriverà i nuovi flussi di lavoro di base in Genomica di JMP 3.2. I flussi di lavoro di base offrono un passaggio intermedio tra il flessibile Workflow Builder introdotto per la prima volta in JMP Genomics 3.0 e la semplicità della procedura semplificata di Affymetrix Expression CHP Wizard, che è apparsa per la prima volta in JMP Genomics 3.1.
Sia la procedura guidata CHP sia i flussi di lavoro di base traggono vantaggio dall'infrastruttura Workflow Builder, ma differiscono dall'utilizzo diretto del Generatore di flussi di lavoro. Quando si lavora all'interno della finestra di dialogo Workflow Builder, è prima necessario aprire altre finestre di dialogo del processo Genomics JMP, selezionare i parametri, quindi salvare tali impostazioni su un flusso di lavoro o selezionare da impostazioni salvate preesistenti per vari processi per creare un flusso di lavoro. Poiché Workflow Builder può incorporare impostazioni per qualsiasi processo JMP Genomics che esegue SAS, offre una vasta gamma di opzioni per la personalizzazione dei passaggi di elaborazione e analisi dei dati. Tuttavia, può essere scoraggiante per un nuovo utente iniziare a usarlo.
La procedura guidata CHP interattiva e i flussi di lavoro di base basati su una finestra di dialogo consentono di creare automaticamente le impostazioni per gli utenti dietro le quinte e di avviare automaticamente i flussi di lavoro. La procedura guidata CHP e i flussi di lavoro di base forniscono un set limitato di opzioni, ma è possibile modificare o creare sul flusso di lavoro dopo la sua esecuzione iniziale. I flussi di lavoro Basic Expression e Basic Exon offrono la possibilità di generare diversi grafici di controllo di qualità standard, con la possibilità di visualizzarli per i dati prima e dopo la normalizzazione e una scheda per specificare il modello ANOVA e le opzioni. Il flusso di lavoro di Basic Exon crea automaticamente il modello appropriato per verificare lo splicing alternativo.
Nuovi pulsanti di azione sono stati lanciati con i risultati ANOVA per consentire di visualizzare rapidamente risultati interessanti. Nel caso dei dati dell'esone, è possibile eseguire il drill down su un ID del cluster di trascrizione per visualizzare grafici a linee e grafici a linee che rivelano quali sonde (esoni) sembrano mostrare differenze specifiche del tessuto. È inoltre possibile testare la significatività statistica delle differenze di intensità per singoli esoni tra gruppi (ad es. Controllo e trattamento).
L'output per tutti i flussi di lavoro è un diario JMP con pulsanti di script per avviare l'output da ogni processo, uno strumento di presentazione molto conveniente. In effetti, il nostro principale sviluppatore Russ Wolfinger ha recentemente dimostrato i risultati del flusso di lavoro Basic Genetics Workflow e Basic Copy Number al MAQC II incontro faccia a faccia presso la FDA a Rockville, MD. Questi risultati sono stati eseguiti su file CHP e CEL, rispettivamente, derivati da un sottoinsieme di Consorzio Wellcome Trust Case Control set di dati. Come i processi di modellazione predittiva di JMP Genomics, che hanno ottenuto un notevole allenamento dal coinvolgimento del team in MAQC I e MAQC II, questi nuovi flussi di lavoro saranno sicuramente allungati e plasmati dal coinvolgimento del team JMP Genomics in MAQC.
Abbiamo trovato questi flussi di lavoro di base estremamente utili nella nostra ricerca, soprattutto quando si inizia con un nuovo set di dati. Si prega di fare un tentativo e inviarci un feedback una volta che avete JMP Genomics 3.2.
