Dieser Blogbeitrag ist der erste von zwei, der neue grundlegende Arbeitsabläufe in beschreibt JMP Genomics 3.2. Die grundlegenden Workflows bieten einen Zwischenschritt zwischen dem hochflexiblen Workflow Builder, der erstmals in JMP Genomics 3.0 eingeführt wurde, und der Einfachheit des optimierten Affymetrix Expression CHP-Assistenten, der erstmals in JMP Genomics 3.1 erschien.
Sowohl der BHKW-Assistent als auch die Basis-Workflows nutzen die Infrastruktur des Workflow Builder, unterscheiden sich jedoch von der direkten Verwendung des Workflow Builder. Wenn Sie im Workflow Builder-Dialogfeld arbeiten, müssen Sie zunächst andere JMP Genomics-Prozessdialogfelder öffnen, Parameter auswählen, diese Einstellungen dann in einem Workflow speichern oder aus bereits vorhandenen gespeicherten Einstellungen für verschiedene Prozesse auswählen, um einen Workflow aufzubauen. Da der Workflow Builder Einstellungen für jeden JMP-Genomics-Prozess enthalten kann, der SAS ausführt, bietet er eine Vielzahl von Optionen zum Anpassen der Datenverarbeitungs- und Analyseschritte. Es kann jedoch einschüchternd sein, dass ein neuer Benutzer mit der Verwendung beginnen kann.
Der interaktive CHP-Assistent und die dialogbasierten Basisworkflows erstellen sowohl Einstellungen für Sie im Hintergrund als auch den automatischen Start von Workflows. Der CHP-Assistent und die Basis-Workflows bieten einen eingeschränkten Satz von Optionen. Sie können den Workflow jedoch nach der ersten Ausführung ändern oder erweitern. Die Basisausdrücke und Basis-Exon-Workflows bieten die Möglichkeit, mehrere Standard-Qualitätskontrolldiagramme zu generieren, wobei diese für Daten vor und nach der Normalisierung angezeigt werden können, und eine Registerkarte zum Angeben des ANOVA-Modells und der Optionen. Der Basic Exon-Workflow erstellt automatisch das entsprechende Modell, um das alternative Spleißen zu testen.
Mit den ANOVA-Ergebnissen wurden neue Aktionsschaltflächen eingeführt, mit denen Sie interessante Erkenntnisse schnell herausfinden können. Bei Exon-Daten können Sie die Transkript-Cluster-ID detailliert anzeigen, um Box- und Liniendiagramme anzuzeigen, bei denen angezeigt wird, welche Probesets (Exons) gewebespezifische Unterschiede anzeigen. Sie können auch die statistische Signifikanz der Intensitätsunterschiede für einzelne Exons zwischen Gruppen testen (z. B. Kontrolle vs. Behandlung).
Die Ausgabe für alle Workflows ist ein JMP-Journal mit Skriptschaltflächen zum Starten der Ausgabe von jedem Prozess - ein sehr praktisches Präsentationswerkzeug. Unser leitender Entwickler Russ Wolfinger hat vor kurzem die Ergebnisse des Basic Genetics Workflow und des Basic Copy Number Workflow vorgeführt MAQC II. Persönliches Treffen bei der FDA in Rockville, MD. Diese Ergebnisse wurden mit CHP- bzw. CEL-Dateien ausgeführt, die von einer Teilmenge der abgeleitet wurden Wellcome Trust Case Control-Konsortium Datensatz. Wie die Vorhersagemodellierungsprozesse von JMP Genomics, die durch die Beteiligung des Teams an MAQC I und MAQC II sehr anstrengend waren, werden diese neuen Workflows sicherlich durch die Beteiligung des JMP Genomics-Teams an MAQC gestreckt und gestaltet.
Wir haben festgestellt, dass diese grundlegenden Arbeitsabläufe in unserer eigenen Forschung äußerst nützlich sind, insbesondere wenn mit einem neuen Datensatz begonnen wird. Bitte probieren Sie es aus und senden Sie uns ein Feedback, sobald Sie JMP Genomics 3.2 installiert haben.
