這篇博客文章是描述新基本工作流程的兩篇文章中的第一篇 JMP基因組學 3.2。基本工作流程提供了JMP Genomics 3.0中首次引入的高度靈活的Workflow Builder與簡化的Affymetrix Expression CHP嚮導之間的中間步驟，該嚮導首次出現在JMP Genomics 3.1中。
CHP嚮導和基本工作流都利用了Workflow Builder基礎結構，但與直接使用Workflow Builder不同。在“工作流程構建器”對話框中工作時，首先需要打開其他JMP Genomics流程對話框，選擇參數，然後將這些設置保存到工作流程，或者從預先存在的已保存設置中選擇各種流程以構建工作流程。由於Workflow Builder可以包含運行SAS的任何JMP Genomics流程的設置，因此它提供了大量用於自定義數據處理和分析步驟的選項。但是，對於新用戶來說，開始使用它可能會令人生畏。
交互式CHP嚮導和基於對話框的基本工作流程都可以在幕後為您構建設置並自動啟動工作流程。CHP嚮導和基本工作流提供了一組受限制的選項，但您可以在初始運行後修改或構建工作流。基本表達式和基本外顯子工作流程提供了生成多個標準質量控製圖的選項，可選擇在標準化之前和之後顯示這些圖，以及用於指定ANOVA模型和選項的選項卡。基本外顯子工作流程自動創建適當的模型以測試替代拼接。
使用ANOVA結果啟動的新動作按鈕使您能夠快速深入了解有趣的發現。對於外顯子數據，您可以向下鑽取轉錄物簇ID以查看箱線圖和折線圖，以顯示哪些探針組（外顯子）看起來顯示組織特異性差異。您還可以測試組間個體外顯子的強度差異的統計學顯著性（例如，對照與治療）。
所有工作流程的輸出都是一個JMP日誌，其中包含用於從每個進程啟動輸出的腳本按鈕 - 一種非常方便的演示工具。事實上，我們的首席開發人員Russ Wolfinger最近展示了基礎遺傳工作流程和基本拷貝數工作流程的結果 MAQC 在馬里蘭州羅克維爾的FDA進行面對面會議。這些結果分別在CHP和CEL文件上運行，這些文件來源於 Wellcome Trust Case Control Consortium 數據集。與JMP Genomics預測建模過程一樣，這些新工作流程肯定會受到JMP Genomics團隊參與MAQC的影響，這些過程已經從團隊參與MAQC I和MAQC II中獲得了很大的發展。
我們發現這些基本工作流程在我們自己的研究中非常有用，特別是在開始使用新數據集時。一旦你擁有JMP Genomics 3.2，請試一試並向我們發送反饋。
