En tant que responsable produit JMP Genomics, je suis heureux d’annoncer que JMP Genomics 3.0 a été finalisé et devrait être publié à la fin du mois de mai. Les efforts remarquables déployés par nos équipes de développement, de test, de documentation et de support stellaires ont permis de créer d’excellentes nouvelles fonctionnalités et des conseils sur leur utilisation. Je suis ébahi par l'ampleur des nouveaux travaux réalisés depuis la publication de notre mise à jour Web 2.0.4 à la fin de l'année dernière. La date de sortie de la version 3.0 approche, nous pensons déjà à notre prochaine mise à jour. Mais tout d’abord, permettez-moi de dire quelques mots sur la version 3.0 sur le point d'être lancée.
JMP Genomics a parcouru un long chemin en termes de fonctionnalité et d’apparence depuis sa publication initiale en mars 2006. En utilisant la nouvelle plate-forme JMP 7, JMP Genomics 3.0 offre de superbes nouveaux graphiques 3D, y compris les tracés PCA 3D que les utilisateurs réclamaient (merci, CH). Vous pouvez voir un graphique 3D bien en évidence sur la couverture de la nouvelle édition spéciale du magazine sascom , qui comporte JMP. Beaucoup de nos processus existants ont été améliorés pour utiliser les nouveaux graphiques 3D. Nous avons également quelques nouvelles icônes superbes dans notre menu génomique (merci, GM!).
JMP Genomics 3.0 répond à un certain nombre de demandes d'utilisateurs avec de nouvelles fonctionnalités et des fonctionnalités améliorées. Des outils de génétique simplifiés prennent en charge de très vastes études d'association de génomes entiers, et nous avons ajouté de nouvelles fonctionnalités de découverte d'interaction SNP-SNP et SNP-trait. Notre nouveau processus Workflow Builder permet aux utilisateurs de lier des ensembles de paramètres d'analyse JMP Genomics couramment utilisés à des flux de travail réutilisables. Un nouveau générateur d'estimation permet de créer des états d'estimation à utiliser avec nos processus ANOVA et modèles mixtes par pointer-cliquer. Un nouveau processus de liens du navigateur UCSC Genome crée des tableaux de liens et permet aux utilisateurs de spécifier des variables pour créer des pistes personnalisées à télécharger dans le navigateur afin d'afficher les résultats statistiques obtenus avec JMP Genomics dans un contexte génomique. Nous sommes très enthousiasmés par les capacités de modélisation prédictive améliorées de JMP Genomics 3.0 et par la nouvelle plate-forme de comparaison de modèles de validation croisée (CVMC) permettant de comparer les performances de différents modèles prédictifs validés de manière croisée sur les mêmes ensembles de données. Notre équipe de développement et de test a déjà fourni au CVMC une séance d’entraînement en vue de la présentation prévue lors de la 7ème réunion du consortium MicroArray Quality Control, un groupe de 150 scientifiques de tout le pays qui se réuniront à SAS les 24 et 25 mai.
En parlant de réunions, le Conférence utilisateur JMP est prévue du 12 au 13 juin à Cary, avec une formation préalable à la conférence JMP en génomique le lundi 11 juin; une piste de génomique mardi après-midi; et un atelier avancé sur la génomique JMP prévu pour mercredi après-midi. Avec tout le buzz sur JMP 7, la conférence des utilisateurs sera passionnante et nous sommes impatients d’accueillir un représentant de notre partenaire Ingenuity Systems, développeur d’Ingenuity Pathways Analysis (IPA). Notre processus de téléchargement IPA, décrit pour la première fois dans JMP Genomics 2.0.4, permet aux utilisateurs de télécharger des listes de gènes directement à partir de JMP Genomics dans l'application Web IPA pour l'analyse des voies et les annotations fonctionnelles. Des sociétés partenaires supplémentaires pour JMP Genomics incluent désormais Affymetrix et Illumina, qui fournissent à nos utilisateurs des outils pour générer des données d’expression et SNP à analyser.
Je tiens à remercier une nouvelle fois nos utilisateurs pour leurs suggestions et leur soutien, ainsi que les équipes de JMP et JMP Genomics pour leur travail prolongé sur JMP Genomics 3.0. Si vous êtes un utilisateur avec des idées ou des suggestions pour notre prochaine mise à jour, nous espérons que vous les enverrez par courrier électronique à génomique@jmp.com . Merci!
