各リリースサイクル中に、 JMPゲノミクス開発チームは新しいデータ型のサポートを追加し、最新のフォーマットで動作するように既存のインポートプロセスを更新します。 次世代シーケンシング研究やマイクロアレイ実験から、生データファイルや要約データファイルを取り込むことができます。
これらのファイルはJMP Genomicsにインポートされ、以下のように保存されます。 SAS 品質管理、正規化、モデリング、パターン発見、予測モデリングツールを使って調べることができるデータセット。 それは間違いなく訪問する価値があります JMPライフサイエンスリソースサイトサポートされているさまざまなファイル形式のインポートを確認する最新のステップバイステップガイドをダウンロードする。 詳細な文書はソフトウェア内のすべてのインポートプロセスにも利用可能です。
JMP Genomics 6を開発している間、私たちはゲノムフィーチャー内の整列リードをカウントする目的で、より大きなSAMまたはBAMファイルのセットをインポートしている顧客と協力してきました。 その結果、このリリースでは、カウントアルゴリズムのパフォーマンスが大幅に向上しました。 SAMまたはBAMファイルのセットをインポートした後、機能レベルでのrawカウント、およびRPMとRPKMの値をユーザーに提供します。これらの要約データセットは、Basic RNA-seq Workflowを含む、RNA-seqデータ用の弊社の統計ツールを使用して評価、正規化、分析することができます。
VCFファイルのインポートプロセスが強化され、深度と遺伝子型の品質に基づいて、出力データセットから遺伝子型またはバリアントを除外できる新しいフィルタが追加されました。 Complete Genomicsのサポートを追加しました。テスト変種 ASMフォルダから複数の個々のバリアントファイルをインポートして結合する以前のバージョンで導入されたオプションを保持しながら、パイプライン出力ファイル。JMP Genomics 6は、バイナリのPlinkファイルをインポートして、両方のプログラムで作業している、またはPlinkユーザーと共同作業している顧客をよりよくサポートすることもできます。 私たちはいくつかのバージョンのPlinkテキストファイルをインポートしました、しかし今や私たちの広範囲のスイートでさらに分析するためにJMP GenomicsにバイナリPED / BIM / FAMファイルのセットを持って来ることができます遺伝子解析ツール 。
生データ型をインポートするときは、JMP Genomics 6に実装された新しいスタディ構造を利用することで、関連データセットの編成が簡単になります。インポート中に新しいスタディを作成したり、新しくインポートしたデータを既存のスタディに追加することができます。 スタディフレームワーク内で作業することで、さまざまな種類の設定やデータセット（ワイドまたはトールデータセット、注釈ファイルなど）の選択が大幅に合理化されます。 同じサンプルに対して生成されたマイクロアレイ、RNAシーケンス数、またはバリアントデータセットを使用して、スタディ内でデータタイプを組み合わせて一致させることができます。構造は非常に柔軟です。
JMP Genomics 6で現在サポートされているデータ型の概要については、当社の製品概要をご覧ください。ここに 。 このリリースの新機能に関する技術情報については、リリースノートを参照してください。ここに 。ソフトウェアが将来のリリースで追加の入力タイプをサポートするのを見ることに興味があるならば、あなたの提案と共にjmp dot comのShannon dot Connersに私に電子メールを送ってください。
