Während jedes Freigabezyklus wird der JMP Genomics Das Entwicklungsteam fügt Unterstützung für neue Datentypen hinzu und aktualisiert unsere bestehenden Importprozesse, um mit den neuesten Formaten zu arbeiten. Wir können viele Arten von rohen oder zusammengefassten Datendateien aus Sequenzierungsstudien der nächsten Generation und Microarray-Experimenten einbringen.
Diese Dateien werden in JMP Genomics importiert und als gespeichert SAS Datensätze, die mit Tools zur Qualitätskontrolle, Normalisierung, Modellierung, Mustererkennung und Vorhersagemodellierung geprüft werden können. Es lohnt sich auf jeden Fall einen Besuch im JMP-Website für Lebenswissenschaften um unsere aktualisierten Schritt-für-Schritt-Anleitungen herunterzuladen, die den Import verschiedener unterstützter Dateiformate überprüfen. Für alle Importvorgänge innerhalb der Software steht eine ausführliche Dokumentation zur Verfügung.
Bei der Entwicklung von JMP Genomics 6 haben wir mit Kunden zusammengearbeitet, die größere Mengen von SAM- oder BAM-Dateien importieren, um ausgerichtete Lesevorgänge innerhalb der genomischen Funktionen zu zählen. Daher haben wir die Leistung unseres Zählalgorithmus für diese Version erheblich verbessert. Nach dem Import einer Reihe von SAM- oder BAM-Dateien stellen wir Benutzern Rohzählungen auf Featureebene sowie RPM- und RPKM-Werte zur Verfügung. Diese zusammengefassten Datensätze können mit unseren statistischen Werkzeugen für RNA-seq-Daten einschließlich des grundlegenden RNA-seq-Workflows bewertet, normalisiert und analysiert werden.
Wir haben unseren VCF-Dateiimportprozess verbessert und neue Filter hinzugefügt, mit denen Sie Genotypen oder Varianten aus Ihrem Ausgabedatensatz basierend auf Tiefe und Genotypqualität ausschließen können. Unterstützung für Complete Genomics wurde hinzugefügt Testvarianten Pipeline-Ausgabedateien, wobei die in früheren Versionen eingeführte Option zum Importieren und Kombinieren mehrerer einzelner Variantendateien aus ASM-Ordnern beibehalten wird. JMP Genomics 6 kann auch binäre Plink-Dateien importieren, um Kunden zu unterstützen, die mit beiden Programmen arbeiten oder mit Plink-Benutzern zusammenarbeiten. Wir haben Plink-Textdateien für mehrere Versionen importiert, können jedoch jetzt eine Reihe von binären PED / BIM / FAM-Dateien in JMP Genomics zur weiteren Analyse mit unserer umfangreichen Suite von genetische Analysewerkzeuge .
Beim Importieren von Rohdatentypen können Sie die in JMP Genomics 6 implementierte neue Studienstruktur nutzen, die die Organisation zusammengehöriger Datensätze vereinfacht. Sie können während des Imports neue Studien erstellen oder neu importierte Daten zu vorhandenen Studien hinzufügen. Durch Arbeiten innerhalb des Studienrahmens wird die Auswahl von Einstellungen und Datensätzen verschiedener Typen (z. B. große oder große Datensätze, Anmerkungsdateien) erheblich vereinfacht. Sie können Datentypen innerhalb einer Studie miteinander mischen und anpassen, indem Sie mit Microarray, RNA-Sequenzzählern oder Variantendatensätzen arbeiten, die für dieselben Proben generiert wurden. Die Struktur ist recht flexibel!
Einen Überblick über die derzeit von JMP Genomics 6 unterstützten Datentypen finden Sie in unserer Produktbeschreibung Hier . Technische Informationen zu den neuen Funktionen in dieser Version finden Sie in den Versionshinweisen Hier . Wenn Sie daran interessiert sind, dass die Software in zukünftigen Versionen zusätzliche Eingabetypen unterstützt, senden Sie mir bitte eine E-Mail an Shannon dot Conners bei jmp dot com mit Ihren Vorschlägen!
