在每個發布週期中， JMP基因組學開發團隊添加了對新數據類型的支持，並更新了我們現有的導入流程以使用最新格式。 我們可以從下一代測序研究和微陣列實驗中引入許多類型的原始或匯總數據文件。
這些文件將導入JMP Genomics並保存為 SAS 可以使用質量控制，規範化，建模，模式發現和預測建模工具檢查的數據集。 絕對值得一遊 JMP生命科學資源網站下載我們更新的循序漸進指南，以查看各種支持的文件格式的導入。 軟件中的所有導入過程也可以使用詳細的文檔。
在開發JMP Genomics 6時，我們一直在與導入更多SAM或BAM文件集的客戶合作，以便計算基因組特徵中的對齊讀數。 因此，我們顯著提高了此版本的計數算法的性能。 導入一組SAM或BAM文件後，我們為用戶提供功能級別的原始計數，以及RPM和RPKM值。這些匯總的數據集可以使用我們的RNA-seq數據統計工具進行評估，歸一化和分析，包括基本RNA-seq工作流程。
我們已經增強了我們的VCF文件導入過程，添加了新的過濾器，允許您根據深度和基因型質量從輸出數據集中排除基因型或變體。 我們增加了對Complete Genomics的支持 testvariants 管道輸出文件，同時保留導入和組合ASM文件夾中的多個單獨變體文件的早期版本中引入的選項。JMP Genomics 6還可以導入二進制Plink文件，以更好地支持使用這兩個程序或與Plink用戶協作的客戶。 我們已經為多個版本導入了Plink文本文件，但是現在可以將一組二進制PED / BIM / FAM文件帶入JMP Genomics，以便使用我們廣泛的套件進行進一步分析。遺傳分析工具 。
導入任何原始數據類型時，您可以利用JMP Genomics 6中實現的新研究結構，簡化相關數據集的組織。您可以在導入期間創建新研究，或將新導入的數據添加到現有研究中。 在研究框架內工作大大簡化了不同類型的設置和數據集的選擇（例如，寬或高數據集，註釋文件）。 您可以在研究中混合和匹配數據類型，使用微陣列，RNA-seq計數或為相同樣本生成的變體數據集 - 結構非常靈活！
有關JMP Genomics 6當前支持的數據類型的概述，請參閱我們的產品簡介這裡 。 有關此版本中新功能的技術信息，請參閱發行說明這裡 。如果您有興趣在將來的版本中看到軟件支持其他輸入類型，請隨時通過jmp dot com向Shannon dot Conners發送電子郵件，告知您的建議！
