Optimización del mapa de enlaces en JMP® Genomics para mejorar los cultivos agronómicos
Kelci Miclaus y Rebekah Oliver, SAS Institute Inc .; y Eric Jackson, USDA-ARS
Un mapa de enlaces bien construido que coloca los marcadores genéticos en posición uno con respecto al otro es crítico en el análisis del locus de rasgos cuantitativos (QTL) en muchas especies de plantas y animales. La relación entre los marcadores de ADN y los rasgos genéticamente heredados mejora la eficiencia de la investigación agronómica del cultivo al permitir que se utilicen enfoques de reproducción asistida por marcadores para seleccionar plantas con rasgos deseables, como la mejora de la resistencia a las enfermedades y el aumento del rendimiento. Se construye un mapa de enlace utilizando genotipos de marcadores de ADN para muestras de una población experimental de pedigrí conocido. Los marcadores se asignan a grupos de vinculación en función de qué tan cerca están vinculados, según lo medido por sus tasas de recombinación. El orden óptimo de los marcadores dentro de los grupos se determina para calcular el mapa de distancia genética más corto. Las nuevas características en JMP Genomics 5.1 calculan los grupos de enlaces y determinan un mapa de marcadores ordenado de manera óptima utilizando rutinas de optimización en PROC OPTMODEL de SAS / OR. Destacamos estas nuevas características en el análisis de marcadores de ADN de plantas de avena derivadas de líneas puras recombinantes como parte de la investigación en curso realizada por Collaborative Oat Research Enterprise (CORE).
