농업 작물 개선을위한 JMP® Genomics의 연계지도 최적화
SAS Institute Inc.의 Kelci Miclaus와 Rebekah Oliver; Eric Jackson, USDA-ARS
많은 식물 및 동물 종에서 양적 특성 유전자좌 (QTL) 분석에있어서 유전자 표지를 서로 상대적으로 위치시키는 잘 구축 된 연계지도가 중요합니다. DNA 마커를 유 전적으로 형질과 연관시킴으로써 질병 저항성 향상 및 수확량 증가와 같은 바람직한 형질을 가진 식물을 선발하는데 마커를 이용한 육종 접근법을 사용할 수있게하여 농작물 연구의 효율성을 향상시킵니다. 연계지도는 알려진 혈통의 실험 집단으로부터의 샘플에 대한 DNA 마커 유전자형을 사용하여 구축된다. 마커는 재조합 률에 의해 측정 된 것처럼 링크가 얼마나 가깝게 연결되어 있는지에 따라 링크 그룹에 할당됩니다. 그룹 내의 마커의 최적 순서는 최단 거리 거리지도를 계산하기 위해 결정됩니다. JMP Genomics 5.1의 새로운 기능은 링크 그룹을 계산하고 SAS / OR의 PROC OPTMODEL에서 최적화 루틴을 사용하여 최적으로 정렬 된 마커 맵을 결정합니다. 우리는 Collaborative Oat Research Enterprise (CORE)에 의해 진행중인 연구의 일환으로 재조합 근연 줄기에서 유래 된 귀리 식물의 DNA 마커 분석에서 이러한 새로운 특징을 강조합니다.
