Ottimizzazione della mappa del collegamento in Genomica JMP® per migliorare i raccolti agronomici
Kelci Miclaus e Rebekah Oliver, SAS Institute Inc .; e Eric Jackson, USDA-ARS
Una mappa di collegamento ben costruita che colloca i marcatori genetici in posizione l'uno rispetto all'altro è fondamentale nell'analisi quantitativa dei tratti del locus (QTL) in molte specie vegetali e animali. La correlazione dei marcatori del DNA con i tratti geneticamente ereditari migliora l'efficienza della ricerca agronomica delle colture, consentendo l'utilizzo di approcci di allevamento assistito da marcatori per selezionare piante con caratteristiche desiderabili, come una maggiore resistenza alle malattie e un aumento della resa. Una mappa di collegamento è costruita utilizzando genotipi marcatori di DNA per campioni provenienti da una popolazione sperimentale di pedigree nota. I marker sono assegnati ai gruppi di linkage in base a quanto strettamente collegati, come misurato dai loro tassi di ricombinazione. L'ordine ottimale dei marcatori all'interno dei gruppi è determinato per calcolare la mappa di distanza genetica più breve. Nuove funzionalità nei gruppi di collegamento di calcolo Genomics 5.1 JMP e determinazione di una mappa di marker ordinata in modo ottimale utilizzando le routine di ottimizzazione in PROC OPTMODEL da SAS / OR. Evidenziamo queste nuove caratteristiche nell'analisi dei marcatori del DNA di piante di avena derivate da linee ibride ricombinanti come parte della ricerca in corso da parte del Collaborative Oat Research Enterprise (CORE).
