Linkage Map-Optimierung in JMP® Genomics zur Verbesserung landwirtschaftlicher Nutzpflanzen
Kelci Miclaus und Rebekah Oliver, SAS Institute Inc .; und Eric Jackson, USDA-ARS
Eine gut konstruierte Verknüpfungskarte, die genetische Marker relativ zueinander positioniert, ist für die Quantitativ Trait Locus (QTL) -Analyse vieler Pflanzen- und Tierarten von entscheidender Bedeutung. Die Zuordnung von DNA-Markern zu genetisch vererbten Merkmalen verbessert die Effizienz der agronomischen Ernteforschung, indem mit Hilfe von markergestützten Züchtungsverfahren Pflanzen ausgewählt werden können, die wünschenswerte Merkmale aufweisen, z. Eine Verknüpfungskarte wird unter Verwendung von DNA-Marker-Genotypen für Proben aus einer experimentellen Population mit bekanntem Stammbaum erstellt. Marker werden Verknüpfungsgruppen zugewiesen, je nachdem, wie eng sie verbunden sind, gemessen an ihren Rekombinationsraten. Die optimale Reihenfolge der Marker innerhalb von Gruppen wird bestimmt, um die kürzeste genetische Entfernungskarte zu berechnen. Neue Funktionen in JMP Genomics 5.1 berechnen Verknüpfungsgruppen und ermitteln mithilfe von Optimierungsroutinen in PROC OPTMODEL von SAS / OR eine optimal geordnete Markierungszuordnung. Wir zeigen diese neuen Funktionen bei der Analyse von DNA-Markern aus Haferpflanzen, die aus rekombinanten Inzuchtlinien stammen, im Rahmen laufender Forschungsarbeiten des Collaborative Oat Research Enterprise (CORE).
