Optimisation des cartes de couplage dans JMP® Genomics pour améliorer les cultures agronomiques
Kelci Miclaus et Rebekah Oliver, SAS Institute Inc .; et Eric Jackson, USDA-ARS
Une carte de liaison bien construite qui place les marqueurs génétiques les uns par rapport aux autres est essentielle pour l’analyse de locus de caractères quantitatifs (QTL) chez de nombreuses espèces végétales et animales. Relier les marqueurs ADN aux caractères génétiquement hérités améliore l'efficacité de la recherche agronomique en permettant d'utiliser des approches de sélection assistée par marqueurs pour sélectionner des plantes présentant des caractères souhaitables, telles qu'une résistance accrue aux maladies et un rendement accru. Une carte de liaison est construite en utilisant des génotypes de marqueur ADN pour des échantillons provenant d'une population expérimentale de pedigree connu. Les marqueurs sont attribués à des groupes de liaison en fonction de leur lien étroit, mesuré par leurs taux de recombinaison. L'ordre optimal des marqueurs au sein des groupes est déterminé pour calculer la carte de distance génétique la plus courte. Les nouvelles fonctionnalités de JMP Genomics 5.1 calculent les groupes de liaison et déterminent une carte de marqueur ordonnée de manière optimale à l'aide de routines d'optimisation dans PROC OPTMODEL à partir de SAS / OR. Nous soulignons ces nouvelles caractéristiques dans l’analyse des marqueurs ADN de plantes d’avoine dérivées de lignées recombinantes dans le cadre des recherches en cours de la société de recherche coopérative sur l’avoine (CORE).
