Enfoques estadísticos para analizar un gran estudio de curso de tiempo, de tratamiento múltiple, de bolitas de metal implantadas en el músculo del ratón
Wenjun Bao, Russell D. Wolfinger y Tzu-Ming Chu, SAS; Edward Perkins, Centro de Investigación y Desarrollo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos; Desmond I. Bannon, Instituto de Salud Pública
En un estudio de curso de tiempo de los efectos de un solo pellet implantado (níquel, tungsteno / níquel / aleación de cobalto, tantalio o control) en ratones, se generaron más de 400 arrays de chip de expresión de Sentrix MouseRef-8 v1.1 v1.1 para evaluar el Efecto de los tratamientos en los perfiles de expresión génica a lo largo del tiempo. Presentamos soluciones para varios desafíos de análisis de datos asociados con un conjunto de datos tan grande. Primero, transformación: hay un número significativo de genes con valores de intensidad negativos. Investigamos el registro modificado y los enfoques de imputación de valores perdidos. En segundo lugar, la normalización: hay un efecto de lote obvio asociado con la fecha completa de preparación de la muestra de microarrays. Exploramos diferentes métodos de normalización, incluida la corrección del perfil de lotes agrupados (GBP). En tercer lugar, los genes expresados diferencialmente: utilizamos un enfoque de ANOVA modelo mixto para probar sus diferencias.
