Approcci statistici per l'analisi di un ampio studio multistrato su pelli di metallo impiantate nel muscolo del topo
Wenjun Bao, Russell D. Wolfinger e Tzu-Ming Chu, SAS; Edward Perkins, Centro di ricerca e sviluppo per ingegneri dell'esercito degli Stati Uniti; Desmond I. Bannon, Institute of Public Health
In uno studio sul tempo degli effetti di una singola pallina impiantata (nichel, lega di tungsteno / nichel / cobalto, tantalio o controllo) nei topi, sono stati generati oltre 400 illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1 Expression Bead Chip Arrays per valutare il effetto dei trattamenti sui profili di espressione genica nel tempo. Presentiamo soluzioni per diverse sfide di analisi dei dati associate a un set di dati così ampio. Innanzitutto, trasformazione: esiste un numero significativo di geni con valori di intensità negativi. Abbiamo studiato il log spostato e gli approcci di imputazione del valore mancante. Secondo, normalizzazione: c'è un evidente effetto batch associato alla data di completamento della preparazione del campione di microarray. Abbiamo esplorato diversi metodi di normalizzazione, inclusa la correzione del profilo di gruppo (GBP). In terzo luogo, i geni differenzialmente espressi: abbiamo usato un approccio ANOVA modello misto per testare le loro differenze.
