分析金屬顆粒大型多處理時間進程研究的統計方法...... 分析植入小鼠肌肉的金屬顆粒大型多治療時程研究的統計方法
包文君,Russell D. Wolfinger和楚子明,SAS; Edward Perkins,美國陸軍工程師研發中心; Desmond I. Bannon,公共衛生研究所
在一項關於單個植入顆粒(鎳,鎢/鎳/鈷合金,鉭或對照)對小鼠的影響的時間進程研究中,生成了超過400個Illumina Sentrix MouseRef-8 v1.1表達珠芯片陣列以評估處理對基因表達譜隨時間的影響。我們針對與這樣大的數據集相關的若干數據分析挑戰提出了解決方案。首先,轉化:有大量具有負強度值的基因。我們研究了移位對數和缺失值插補方法。第二,標準化:與微陣列樣品製備完成日期相關的明顯批次效應。我們探索了不同的規範化方法,包括分組批量分析(GBP)校正。第三,差異表達的基因:我們使用混合模型ANOVA方法來測試它們的差異。
數據探索