UN nuovo webcast registrato che evidenzia il lavoro di un consorzio di ricercatori incentrato sul miglioramento delle varietà di avena esistenti è ora disponibile sul nostro sito web. Il webcast registrato include una presentazione del Dr. Eric Jackson, Biologo molecolare di ricerca per il Dipartimento dell'Agricoltura degli Stati Uniti (USDA), sul lavoro del Collaborative Oat Research Enterprise (CORE) globale, nonché una dimostrazione di alcune delle caratteristiche che stanno arrivando nel Genomica di JMP 5.1 questo autunno.
Nel webcast su richiesta Eric discute le tecniche di allevamento assistita da marcatori e condivide il lavoro che ha portato alla scoperta di nuovi geni che controllano la fibra di avena. Il team CORE ha utilizzato approcci genomici ad alto rendimento per migliorare la conoscenza dei marcatori nel complesso genoma dell'avena e sviluppare analisi predittive da utilizzare nei futuri programmi di allevamento. Eric ha usato JMP Genomics per eseguire alcune delle analisi che hanno contribuito alle scoperte del CORE.
Il webcast include anche una presentazione dello specialista di JMP Life Sciences Jordan Hiller sui nuovi gruppi di ricombinazione e linkage, linkage map order e linkage map viewer che appariranno nella nostra prossima versione.
Queste nuove funzionalità sono state aggiunte su richiesta di numerosi siti di licenze JMP Genomics di grandi dimensioni, incluso USDA. Apprezziamo molto la collaborazione di utenti come Eric che erano disposti a collaborare con noi per rendere possibili queste nuove funzionalità. È una situazione ideale per lavorare con clienti disposti a condividere informazioni sui flussi di lavoro correnti, set di dati reali e suggerimenti per miglioramenti nei prototipi. Come molti processi di JMP Genomics, questi nuovi strumenti accoppiano le capacità interattive di JMP con la potenza di elaborazione di SAS dietro le quinte.
Riteniamo che le nostre nuove funzionalità coprano molte esigenze degli utenti nello spazio della mappa di collegamento. Il processo di ricombinazione e gruppi di collegamento può stimare le frazioni di ricombinazione per diversi tipi comuni di croci sperimentali e determina un set iniziale di gruppi di collegamento da utilizzare quando si creano nuove mappe da zero. Se sei solo interessato a visualizzare mappe esistenti, adorerai la grafica 3D di Linkage Map Viewer.
Se hai già individuato gruppi di linkage del consenso, puoi semplicemente utilizzare quelli in Linkage Map Order per eseguire ordini all'interno dei gruppi predefiniti. Linkage Map Order presenta un algoritmo di ordinamento di marker standard che chiama i metodi di ridimensionamento multidimensionale in PROC MDS. Tuttavia, con il clic di un pulsante di opzione, gli utenti di JMP Genomics che hanno anche la licenza SAS / O può sfruttare i metodi avanzati di ottimizzazione degli ordini dei marcatori in SAS PROC OPTMODEL. Infine, puoi confrontare gli ordini tra mappe esistenti e nuove mappe create con JMP Genomics utilizzando strumenti interattivi come Graph Builder in JMP.
Dopo aver visto Il webcast di Eric e la demo di Jordan , fateci sapere il vostro feedback sulla nuova funzionalità. Stiamo raccogliendo i requisiti in questa e in altre aree per la prossima versione, JMP Genomics 6, che verrà rilasciata l'anno prossimo sulla piattaforma JMP 10. Più avanti in estate organizzeremo un nuovo webcast per le funzionalità di JMP Genomics 5.1. Se hai commenti sul webcast registrato, o sei un utente esistente e non vedi l'ora di vedere un'anteprima di ciò che sta arrivando, ti preghiamo di contattarci a genomics@jmp.com .
Genomica di JMP alla riunione di genomi vegetali e animali ha scritto:
[...] grazie alla collaborazione con il campione JMP Eric Jackson di USDA-ARS e agli sforzi del nostro team di sviluppo Genomics di JMP, abbiamo fatto rapidi progressi [...]
Grandi cose accadono quando gli utenti sono partner nel processo di sviluppo del software - JMP Blog ha scritto:
[...] controlla un precedente post sul blog che ho scritto sul webcast di Eric e sul nuovo [...]
