EIN neuer aufgezeichneter Webcast Das zeigt die Arbeit eines Forscherkonsortiums, das sich auf die Verbesserung bestehender Hafersorten konzentriert, und ist jetzt auf unserer Website verfügbar. Der aufgezeichnete Webcast umfasst eine Präsentation von Dr. Eric Jackson, Research Molecular Biologist für das US-Landwirtschaftsministerium (USDA), über die Arbeit des globalen Collaborative Oat Research Enterprise (CORE) sowie eine Demonstration einiger der kommenden Funktionen im JMP Genomics 5.1 diesen Herbst.
In dem On-Demand-Webcast Eric diskutiert Marker-unterstützte Züchtungstechniken und teilt die Arbeit, die zur Entdeckung neuer Gene geführt hat, die die Haferkornfaser kontrollieren. Das CORE-Team nutzte Genomics-Ansätze mit hohem Durchsatz, um das Wissen über Marker im komplexen Hafergenom zu verbessern und Vorhersageassays für zukünftige Zuchtprogramme zu entwickeln. Eric verwendete JMP Genomics, um einige der Analysen durchzuführen, die zu den Ergebnissen des CORE beigetragen haben.
Der Webcast enthält auch eine Präsentation von JMP Life Sciences-Spezialist Jordan Hiller über die neuen Rekombinations- und Verknüpfungsgruppen-, Verknüpfungskartenreihenfolge- und Verknüpfungskartenanzeige-Prozesse, die in der kommenden Version erscheinen werden.
Diese neuen Funktionen wurden auf Anfrage mehrerer großer JMP Genomics-Lizenzseiten, einschließlich USDA, hinzugefügt. Wir schätzen die Zusammenarbeit von Benutzern wie Eric, die bereit sind, mit uns zusammenzuarbeiten, um diese neuen Funktionen zu realisieren. Es ist eine ideale Situation, um mit Kunden zusammenzuarbeiten, die bereit sind, Informationen über ihre aktuellen Workflows und realen Datensätze auszutauschen und Vorschläge zur Verbesserung von Prototypen zu unterbreiten. Wie so viele JMP-Genomics-Prozesse kombinieren diese neuen Tools die interaktiven Funktionen von JMP mit der Rechenleistung von SAS hinter den Kulissen.
Wir glauben, dass unsere neuen Funktionen viele Bedürfnisse der Benutzer im Bereich der Linkage-Map abdecken. Der Prozess "Rekombination" und "Verknüpfungsgruppen" kann Rekombinationsbruchteile für verschiedene übliche Typen experimenteller Kreuzungen schätzen und bestimmt einen ersten Satz von Verknüpfungsgruppen, die beim Erstellen neuer Karten von Grund auf verwendet werden. Wenn Sie nur an der Visualisierung vorhandener Karten interessiert sind, werden Sie die 3D-Grafiken des Linkage Map Viewer lieben.
Wenn Sie bereits Konsens-Verknüpfungsgruppen erkannt haben, können Sie diese einfach in der Verknüpfungszuordnung verwenden, um die Reihenfolge innerhalb der vordefinierten Gruppen festzulegen. Linkage Map Order verfügt über einen Standard-Markierungsreihenfolge-Algorithmus, der mehrdimensionale Skalierungsmethoden in PROC MDS aufruft. Mit einem Klick auf ein Optionsfeld können Benutzer von JMP Genomics jedoch auch eine Lizenz erwerben SAS / OR kann in SAS PROC OPTMODEL von den erweiterten Methoden zur Optimierung der Markenreihenfolge profitieren. Schließlich können Sie Aufträge zwischen vorhandenen Karten und neuen in JMP Genomics erstellten Karten mit interaktiven Tools wie dem Graph Builder in JMP vergleichen.
Nach dem Anschauen Erics Webcast und Jordaniens Demo , lassen Sie uns Ihr Feedback zur neuen Funktionalität wissen. Wir sammeln Anforderungen in diesem und anderen Bereichen für die nächste Version, JMP Genomics 6, die nächstes Jahr auf der kommenden JMP 10-Plattform veröffentlicht wird. Wir werden später im Sommer einen Webcast für neue Features für JMP Genomics 5.1 bereitstellen. Wenn Sie Kommentare zu dem aufgezeichneten Webcast erhalten haben oder bereits ein Benutzer sind und es nicht abwarten können, eine Vorschau auf das zu sehen, was kommt, kontaktieren Sie uns bitte unter genomics@jmp.com .
JMP Genomics beim Treffen von Pflanzen- und Tiergenomen schrieb:
[...] Dank der Zusammenarbeit mit dem JMP-Champion Eric Jackson von USDA-ARS und den Bemühungen unseres JMP Genomics-Entwicklungsteams haben wir schnelle Fortschritte gemacht. [...]
Großartige Dinge passieren, wenn Benutzer Partner im Softwareentwicklungsprozess sind - JMP Blog schrieb:
[...] Sehen Sie sich einen früheren Blogbeitrag an, den ich über Erics Webcast und das neue [...] geschrieben habe.
