UNE nouveau webcast enregistré qui met en évidence le travail d'un consortium de chercheurs axé sur l'amélioration des variétés d'avoine existantes est désormais disponible sur notre site Web. La diffusion Web enregistrée comprend une présentation du Dr Eric Jackson, biologiste en recherche moléculaire du département de l'Agriculture des États-Unis (USDA), sur les travaux de l'entreprise de recherche collaborative mondiale sur l'avoine (CORE), ainsi qu'une démonstration de quelques-unes des caractéristiques à venir dans Génomique JMP 5,1 cet automne.
dans le Webcast à la demande , Eric discute des techniques de sélection assistée par marqueurs et partage le travail qui a conduit à la découverte de nouveaux gènes contrôlant les fibres du grain d’avoine. L'équipe CORE a utilisé des approches génomiques à haut débit pour améliorer les connaissances sur les marqueurs du génome complexe de l'avoine et développer des tests prédictifs à utiliser dans les futurs programmes de sélection. Eric a utilisé JMP Genomics pour effectuer certaines des analyses qui ont contribué aux conclusions du CORE.
La diffusion Web comprend également une présentation de Jordan Hiller, spécialiste des sciences de la vie chez JMP, sur les nouveaux processus de groupes de recombinaison et de liaison, de commande de carte de liaison et de visualisation de carte de liaison qui paraîtra dans notre prochaine version.
Ces nouvelles fonctionnalités ont été ajoutées à la demande de plusieurs grands sites de licence JMP Genomics, dont l'USDA. Nous apprécions grandement la coopération d'utilisateurs comme Eric, qui ont accepté de travailler avec nous pour rendre ces nouvelles fonctionnalités disponibles. C'est une situation idéale pour travailler avec des clients désireux de partager des informations sur leurs flux de travail actuels, de véritables ensembles de données, et de suggérer des améliorations à apporter aux prototypes. Comme de nombreux processus JMP Genomics, ces nouveaux outils associent les capacités interactives de JMP avec la puissance de traitement de SAS Dans les coulisses.
Nous pensons que nos nouvelles fonctionnalités couvrent de nombreux besoins des utilisateurs dans l’espace des cartes de liaison. Le processus Groupes de recombinaison et de liaison peut estimer les fractions de recombinaison pour plusieurs types courants de croisements expérimentaux et détermine un ensemble initial de groupes de liaison à utiliser lors de la création de nouvelles cartes à partir de zéro. Si vous souhaitez simplement visualiser des cartes existantes, vous allez adorer les graphiques 3D de la Visionneuse de carte de liaison.
Si vous avez déjà identifié des groupes de liaison consensuels, vous pouvez simplement utiliser ceux de la commande de mappage de liaison pour effectuer un classement dans les groupes prédéfinis. Linkage Map Order propose un algorithme de classement standard des marqueurs qui appelle des méthodes de dimensionnement multidimensionnelles dans PROC MDS. Cependant, en cliquant sur un bouton radio, les utilisateurs de JMP Genomics qui détiennent également une licence SAS / OU peut tirer parti des méthodes d’optimisation avancées de l’ordre des marqueurs dans SAS PROC OPTMODEL. Enfin, vous pouvez comparer les commandes entre les cartes existantes et les nouvelles cartes construites dans JMP Genomics à l'aide d'outils interactifs tels que Graph Builder dans JMP.
Après avoir regardé Webcast d'Eric et démo de Jordan , laissez-nous savoir vos commentaires sur la nouvelle fonctionnalité. Nous rassemblons les exigences dans ce domaine et dans d’autres pour la prochaine version, JMP Genomics 6, qui sera publiée l’année prochaine sur la prochaine plate-forme JMP 10. Nous organiserons une diffusion Web des nouvelles fonctionnalités pour JMP Genomics 5.1 plus tard cet été. Si vous avez des commentaires sur le webcast enregistré, ou si vous êtes un utilisateur existant et avez hâte de voir un aperçu de ce qui va arriver, contactez-nous à l'adresse suivante: génomique@jmp.com .
Réunion de la génomique JMP sur les génomes végétaux et animaux a écrit:
[...] grâce à une collaboration avec le champion de JMP, Eric Jackson de USDA-ARS, et aux efforts de notre équipe de développement de JMP Genomics, nous avons réalisé des progrès rapides [...]
Il se passe de grandes choses lorsque les utilisateurs sont des partenaires du processus de développement logiciel - JMP Blog a écrit:
[...] consultez un précédent article de blog que j'ai écrit sur le webcast d'Eric et sur la nouvelle [...]
