AffyおよびIlluminaおよびNextGen配列決定からの100万個のSNPチップの導入によるSNPデータセットの急速な成長は、ますます大きなデータセットをもたらした。JMP Genomics 3.1は100万SNP x 4,000個体のSNPデータセットの分析をサポートしましたが、JMP Genomics 3.2は100万SNP x 10,000個体のデータセットをサポートする多数のプロセスを含みます。、遺伝子型の再コード化、症例対照連合、SNP形質連合およびPCA。
JMP Genomicsの遺伝子解析プロセスにおける多数のコード改善により、大規模データセットのパフォーマンスも劇的に向上しました。これらのデータセットを操作する上での主な制限はハードドライブのスペースです。これらのデータセットはSASコードで処理され、SASはRAMではなくファイルベースであるからです。シミュレートした100万SNP x 10,000サンプルデータセットは約80 GBで、分析にはハードドライブに約2倍の空き容量が必要です。このようなデータセットを扱うユーザーは、一般的に1TB以上のハードドライブを使用します。
データセットサイズの制限のテストをより効率的に処理するために、すべてのJMP Genomicsチームメンバーは最近、大規模デュアルハードドライブ、デュアルコアプロセッサ、および3-4 GB RAMを搭載したテストおよび開発Windows XP PCワークステーションをDell 755にアップグレードしました。それでも、MAQC用に分析される大規模な遺伝学データセットの配信は、私たちの主要なテストサーバーの1つに追加のストレージを探していました。そのデータセットの分析を始めたばかりですが、このような大量の生データを保存し分析するという課題に対して、新たな感謝の意を表します。私たちは皆、本当の大きなデータセットを掘り下げることに興奮しています。シミュレートされたセットは、コードの限界をテストするのに役立ちますが、実際のデータを掘り下げるようなものは何もありません。
