JMP腳本指南提供了一個用於比較兩個相似數據表的示例腳本。對於較棘手的情況，您可以將表導出為文本並使用外部文本差異工具。如果沒有太多列，您還可以嘗試在JMP中進行可視化比較。
我最近遇到了著名的維基百科頁面 Fisher Iris數據並決定用它來測試JMP的HTML導入功能。導入工作正常，但在檢查摘要統計信息時，我可以看到數據與JMP的內置Iris.jmp示例數據文件不完全相同。行順序不一樣，因此簡單的行到行比較不起作用（即使在排序之後，因為壞數據會導致排序）。
我最終使用了三維散點圖，如下所示：
我使用Tables> Concatenate將兩個表合併為一個，打開Create Source Column選項，這樣我就可以判斷哪一行來自哪個表。我使用Rows> Color或Mark by Column來根據源列為行著色。我給Scatterplot 3-D提供了所有四個數字列，並啟用了透明度和高質量標記。（Scatterplot 3-D當然只顯示3個變量，但您可以使用圖形下方的控件以交互方式在4列之間切換。）
來自一個來源的點是紅色的;來自其他來源的點是藍色的;兩個來源中的點都是紫色的（因為透明度）。然後我選擇紅色和藍色點並手動檢查它們費舍爾的原始論文 。事實證明，JMP數據是正確的，維基百科數據有6個數字編碼錯誤。我已經糾正了維基百科上的數據。
具有透明度的2-D散點圖矩陣將實現類似的結果並且具有一次顯示所有尺寸的優點。但是，我喜歡這種情況下的三維視圖，因為我可以旋轉圖像以更好地查看重疊點。
